当前解析结果
SmilChr02G004318| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004318 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004318 |
| 描述 | probable cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65503375 - 65507356 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013051 |
|---|---|
| GeneID | 131013051 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013051 |
| 原始查询 | SmilChr02G004318 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] |
| 产物 | probable cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] |
| Arabidopsis | AT2G21770 (CESA9)cellulose synthase A9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816713] identity=55.5; qcov=1.1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0424400 (OsCesA3)- identity=58.4; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009833 (plant-type primary cell wall biogenesis); GO:0016760 (cellulose synthase (UDP-forming) activity); GO:0030244 (cellulose biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03552 (Cellulose_synt); PF14569 (zf-UDP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013051 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057797035.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057797035.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057797035.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797035.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797035.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65503440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:65503557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,D6 |
Chr2:65503577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr2:65503696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr2:65504284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:65505034 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B97 |
Chr2:65505049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B44,B64,C14,D3 |
Chr2:65505091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr2:65505256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:65505266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,B97 |
Chr2:65505410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B57,B93,C67 |
Chr2:65505416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797035.1PF14569
zf-UDP 33-106 aa
PF03552
Cellulose_synt 310-982 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797035.1 |
Pfam | PF14569 |
zf-UDP | Domain | 33 | 106 | 1.3e-37 | 128.4 | Zinc-binding RING-finger |
XP_057797035.1 |
Pfam | PF03552 |
Cellulose_synt | Domain | 310 | 982 | 1e-292 | 973.8 | Cellulose synthase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。