当前解析结果
SmilChr02G004330| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004330 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004330 |
| 描述 | triacylglycerol lipase OBL1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65581920 - 65584702 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013075 |
|---|---|
| GeneID | 131013075 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013075 |
| 原始查询 | SmilChr02G004330 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | triacylglycerol lipase OBL1 |
| 产物 | triacylglycerol lipase OBL1 |
| Arabidopsis | AT3G14360 (AT3G14360)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820657] identity=56.3; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0767200- identity=44.1; qcov=0.962; evalue=2.3e-139; confidence=medium |
| GO | GO:0004806 (triacylglycerol lipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01764 (Lipase_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013075 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057797061.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057797061.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057797061.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057797061.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797061.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65582129 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B106,B119,B73,B78,C17,C38,C46,C50,C56,C63 |
Chr2:65582158 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr2:65582158 |
GTT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:65582505 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B69 |
Chr2:65582505 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:65582588 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B45 |
Chr2:65582588 |
ATG |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr2:65582599 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B122,B5,D7 |
Chr2:65582747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:65582782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:65583404 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:65583438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,B40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797061.1PF01764
Lipase_3 229-396 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797061.1 |
Pfam | PF01764 |
Lipase_3 | Domain | 229 | 396 | 1.3e-37 | 129.5 | Lipase (class 3) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。