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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004330

染色体: Chr02 坐标: 65581920-65584702 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004330
名称SmilChr02G004330
描述triacylglycerol lipase OBL1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65581920 - 65584702 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013075
GeneID131013075
locus_tag-
NCBI NameLOC131013075
原始查询SmilChr02G004330

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述triacylglycerol lipase OBL1
产物triacylglycerol lipase OBL1
ArabidopsisAT3G14360 (AT3G14360)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820657]
identity=56.3; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0767200
-
identity=44.1; qcov=0.962; evalue=2.3e-139; confidence=medium
GOGO:0004806 (triacylglycerol lipase activity); GO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013075

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057797061.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057797061.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057797061.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057797061.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797061.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65582129 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 10 B106,B119,B73,B78,C17,C38,C46,C50,C56,C63
Chr2:65582158 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr2:65582158 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr2:65582505 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B69
Chr2:65582505 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B69
Chr2:65582588 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B45
Chr2:65582588 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B45
Chr2:65582599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B122,B5,D7
Chr2:65582747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:65582782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:65583404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:65583438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797061.1
506 aa
N
1
253
506
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 229-396 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797061.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 229 396 1.3e-37 129.5 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941078.1
ACCTCTCACGAGATTGCTCCTCTATAACCCGATGACGTGTATGTATGGCGACAGATGGCGCAGCAGTAAAGAAAATACGACGCATGTAATCCAAATTGCTATTGAAATCTACTTTCCAACCGCAGCTTAAATTTATTGCCCCAGATATACATGCGGACATTTCCCAATAACTTTCTGCCGTTATAAAATCCACATAAATAGATTGCATAAATCCATCACAAGCCGCTTTCTTTCTCACATTCTTGAAATTGTAGAAAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013075
ATGGCTAGCGTGGGTTCTGAGACATCAAACAATTTCTTGATTGTGAGTGATGAGAATGGAGGGGTTTTGGATTTGTTCAAGTTCTTGGTGTTTAATGACGGAGGAAGTGGGGCTAAGTTTCTTGAAACTTGTGGGTCCTTACAAGAAAAGCTTTTGGGGGATGATGATGGCGGTGGTGGTGGTGGGGAGGTGACACCTGATCACAGGTGGGTGATAGTTGTGTCCATTTTGGTGAGGAAATTAATTAAGGTAGTTGGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797061.1
MASVGSETSNNFLIVSDENGGVLDLFKFLVFNDGGSGAKFLETCGSLQEKLLGDDDGGGGGGEVTPDHRWVIVVSILVRKLIKVVGKPMQWSGYVVEFILNLLSLNGNFLGLMFRILQGNVEMPKRGSETFISAIGHLDGRVELLRMKKDDDFEKRSWQVEMGDRALMDLCMMSSKLAYENAEVVRNVVQLHWKMHFVGFYNCWNEYQKELDTQVFIMCDEAEDANLIVISFRGTEPFDADDWITDFDYSWYEIPNLGKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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