Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004725`

染色体: Chr02 坐标: 69497302-69500525 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004725`
名称	SmilChr02G004725
描述	glucuronokinase 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69497302 - 69500525 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008711`
GeneID	`131008711`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008711`
原始查询	`SmilChr02G004725`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glucuronokinase 1-like
产物	glucuronokinase 1-like
Arabidopsis	`AT3G01640` (GLCAK) glucuronokinase G [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819902] identity=74.8; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0217300` - identity=71.5; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00288 (GHMP_kinases_N); PF08544 (GHMP_kinases_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008711

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791708.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791708.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791708.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791708.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791708.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69497486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B68,B96
`Chr2:69497563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:69497863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C85,D6
`Chr2:69497876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:69498283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr2:69499500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B60,B79,C4,C75,D1
`Chr2:69499518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C47,C71
`Chr2:69499584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:69500097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C56
`Chr2:69500212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791708.1

357 aa

178

357

GHMP_kinases_N

GHMP_kinases_C

PF00288 GHMP_kinases_N 98-179 aa PF08544 GHMP_kinases_C 254-330 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791708.1`	Pfam	`PF00288`	GHMP_kinases_N	Domain	98	179	1.7e-10	41.7	GHMP kinases N terminal domain
`XP_057791708.1`	Pfam	`PF08544`	GHMP_kinases_C	Domain	254	330	1.4e-05	26.1	GHMP kinases C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935725.1
AGACACAAAGTTTTATAGTATATTAATATGTTTATTTTTGTCAATTTTGAGAGTCCTAAGTTAGTATGTAGGGATGAAATAGAAAAGACTTCATGTAGCGTACACGTTCAAATATAGATGATTATCCAACAAAGAGTCAAACACACTAAATGTGTGTATTTGTGTGTGAAACTCGAGCACATGTATAAATAGGCAGCAGCTGCAGAGCCAGAGTTGGGAAATTGAGGTTGATAAAAATGGCGACTGATGAAAATGCAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008711
ATGGCGACTGATGAAAATGCAGTGATCGAGCACAGAGCGTATGCTCGGGTGGGTTTGTTGGGCAATCCCAGCGACGTCTACTACGGGCGCACGATATCATTCAGCCTTGGAAACTTCTGGGCTTCTGTCAAGCTCCAGCCTTCCGATAATTTGATGATCCTTCCTCACCCCGCCCATGATCTAGTTCAATTCGACTCTCTCACTCACTTGGTTAATCGGCTCCAGACCGATGGTTACTATGGAGGGGTACGTCTGCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791708.1
MATDENAVIEHRAYARVGLLGNPSDVYYGRTISFSLGNFWASVKLQPSDNLMILPHPAHDLVQFDSLTHLVNRLQTDGYYGGVRLLMAICKIFHNHCKENKISLREGNFKLSYDTNIPRQTGLSGSSAIVCAALSCLLDFYKVRHLIKVEVRPNLILNAEKELGIVAGLQDRVAQVYGGLVYMDFDKKLMEDLGHGNYMPMDLDLLPPLYLIYAENPSDSGKMHSTVRQRWLNGDEFIISSMEKVANIALEGRTALIEKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器