Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004768`

染色体: Chr02 坐标: 69851757-69861527 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004768`
名称	SmilChr02G004768
描述	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69851757 - 69861527 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008664`
GeneID	`131008664`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008664`
原始查询	`SmilChr02G004768`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
产物	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
Arabidopsis	`AT4G34060` (DML3) demeter-like protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829552] identity=38.7; qcov=0.641; evalue=1.62e-141; confidence=medium
Rice	`Os01g0218032` (ROS1A) - identity=46.7; qcov=0.49; evalue=1.55e-140; confidence=medium
GO	GO:0006284 (base-excision repair); GO:0019104 (DNA N-glycosylase activity); GO:0035514 (DNA demethylase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding); GO:0080111 (GO:0080111)
KEGG	-
Pfam	PF15628 (RRM_DME)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791611.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791611.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791611.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791611.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057791611.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69851906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,C31,C6
`Chr2:69852018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,C32,C68,C78
`Chr2:69852163`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A15,B100,B12,B135,B36,B41,B5,B52,B89,C20,C25,C30,C45,C61,C71,C86,D4,D9
`Chr2:69852182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D11,D2
`Chr2:69852347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C37
`Chr2:69852365`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,D2
`Chr2:69852383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:69852387`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	A13,A2,A23,B105,B110,B33,B42,B62,C60,C62,C72,C9
`Chr2:69852390`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A13,A2,A23,B105,B110,B33,B42,B62,C60,C62,C72,C9
`Chr2:69852538`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A23,A5,C62,C82
`Chr2:69852538`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A23,A5,C62,C82
`Chr2:69852544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791611.1

1140 aa

570

1140

RRM_DME

PF15628 RRM_DME 1040-1139 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791611.1`	Pfam	`PF15628`	RRM_DME	Family	1040	1139	1.6e-40	138.1	RRM in Demeter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935628.1
ACACGCACAGAAAAAACGCGGCTCTTTTATTCTTCATCAACAAACACACGCACAGAAAAAACGCAGCCGCGCGCGGCCTCTGTTTGCTTTCGCCTGCTCTCCTTTGCTCGACATAGAAAAAACAGTGTAATAATGGTGGCAAAATCCAAGGACCCTGATTGGATCCCATCGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGATAGGAAAAACAGATGCAGACACCTCGAGAATGAAAGGTGGAGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008664
ATGGTGGCAAAATCCAAGGACCCTGATTGGATCCCATCGACGCCTAAGGTCAAAACTGCTTCAAATCGTCGTAAAAAATCGATAGGAAAAACAGATGCAGACACCTCGAGAATGAAAGGTGGAGCTTCGAAAAAGCCCAAGATTTTGAAGAAGAGAAGACAAGTGCGGAAGAGGATTTCGTCGAACAAGTTAGCCGAGCTGACAAGAGTGCTTCGCGACATTGAAAAACACACGTGCACTACTACTCTCAACTCATCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791611.1
MVAKSKDPDWIPSTPKVKTASNRRKKSIGKTDADTSRMKGGASKKPKILKKRRQVRKRISSNKLAELTRVLRDIEKHTCTTTLNSSWMNAKKERSNTSIRRKDFKSGFAAHIIGVQDHTEDKVVVSCHGNTENHTQSEEDITDMDVSTQKMDCDGANTHDQNDCANNDDLFSSFFVPPSLNENVDCHGINNSVILEAQQVVVNETNGKEMAVAEVKDVAWVPLTPQIQAKVGYSEKESETTNNCKYFESNISGSDAPKCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器