Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004857

染色体: Chr02 坐标: 70711405-70717791 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004857
名称SmilChr02G004857
描述tip elongation aberrant protein 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70711405 - 70717791 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008856
GeneID131008856
locus_tag-
NCBI NameLOC131008856
原始查询SmilChr02G004857

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tip elongation aberrant protein 1-like
产物tip elongation aberrant protein 1-like
ArabidopsisAT1G18610 (AT1G18610)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838442]
identity=60.1; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0300900
-
identity=33.1; qcov=0.548; evalue=4.01e-48; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7); PF24981 (Beta-prop_ATRN-LZTR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791933.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057791933.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791933.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791933.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791933.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70712357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C85
Chr2:70712365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B56,B91
Chr2:70712554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B78,C16,D1
Chr2:70712559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:70712589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B33,C74
Chr2:70712640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C12
Chr2:70712692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:70712926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:70712999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B124,B130
Chr2:70713432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,D8
Chr2:70713470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:70713472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791933.1
562 aa
N
1
281
562
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_1
Beta-prop_ATRN-LZTR1
Kelch_1
Beta-prop_ATRN-LZTR1
Kelch_2
Kelch_1
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_1
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 3-194 aa PF01344 Kelch_1 72-111 aa PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 97-233 aa PF01344 Kelch_1 122-167 aa PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 148-303 aa PF07646 Kelch_2 177-219 aa PF01344 Kelch_1 177-220 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 179-316 aa PF01344 Kelch_1 227-273 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791933.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 3 194 3.7e-82 275.6 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057791933.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 72 111 9e-38 128.1 Kelch motif
XP_057791933.1 Pfam PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 Repeat 97 233 2.2e-49 169.0 Attractin/LZTR1 beta-propeller
XP_057791933.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 122 167 9e-38 128.1 Kelch motif
XP_057791933.1 Pfam PF24981 Beta-prop_ATRN-LZTR1 Repeat 148 303 2.2e-49 169.0 Attractin/LZTR1 beta-propeller
XP_057791933.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 177 219 1.7e-28 97.8 Kelch motif
XP_057791933.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 177 220 9e-38 128.1 Kelch motif
XP_057791933.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 179 316 3.7e-82 275.6 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057791933.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 227 273 9e-38 128.1 Kelch motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935950.1
CCCCTATTTATCGCCTTGTCTGAGTCTGATACTCCTACTTCTGTAAGCTAAAGCTGCTTACATAATGAAAAATGAATTAAATAAATTCATGGGATTCAATTTGGTTCTTGATTTCAAATTCATTGGTGGAAACAACAAAAACCCTCAACCCGTCCCACCAAAATCAAGGGATTCACCCCAAAAAAGAGCATTGATTCCCGCACACGTACTCACAATCTCTGGCTGGAGCTGTTAATGATTCATAAATGAGAAAGCCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008856
ATGGCGATGAGATGGGAGAAGGTGCAGGTGAGTGGAGTGGGTGGTGGGCCCGGGGTGAGGTGGGGCCACACATGCAACGCCATTGGAGGAGGGAAACTTCTCTATGTTTTCGGCGGATATGGGAAAGATCAGTGCCAGACGAATCAAGTTCATGTTTTTGATACTGTTAATATGTTTTGGAGCGAGCCTGATGTGAAGGGTACACCACCTACCCCAAGAGACAGTCATAGCTGTACCACAGTTGGAGATAATCTGTTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791933.1
MAMRWEKVQVSGVGGGPGVRWGHTCNAIGGGKLLYVFGGYGKDQCQTNQVHVFDTVNMFWSEPDVKGTPPTPRDSHSCTTVGDNLFVFGGTDGRRPLNDLQVFQTSSNTWVVPCVRGDAPEPREGHSAALIGKRLFIFGGCGKYENSEIYYDDLYILNTETFVWKRVLPSGIPPSKRDSHTCVSWNNKIIVVGGEDSFNYYLSDVHILDADTLVWCKLNTTGQLLPPRGGHTTISLGKNLFVFGGFSDEQNLYSDVYMLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器