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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005005

染色体: Chr02 坐标: 71842290-71851816 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005005
名称SmilChr02G005005
描述intermediate cleaving peptidase 55, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71842290 - 71851816 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008951
GeneID131008951
locus_tag-
NCBI NameLOC131008951
原始查询SmilChr02G005005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述intermediate cleaving peptidase 55, mitochondrial
产物intermediate cleaving peptidase 55%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G09300 (AT1G09300)
Metallopeptidase M24 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837451]
identity=68.5; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0563500
-
identity=63.7; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0070006 (metalloaminopeptidase activity)
KEGG-
PfamPF00557 (Peptidase_M24); PF05195 (AMP_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008951

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792079.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057792079.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792079.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792079.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792079.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71842728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:71845341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B55,C23,D1
Chr2:71846116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:71846136 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C14
Chr2:71846136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:71847215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,C45
Chr2:71847265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A9
Chr2:71847267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr2:71847722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B129,B64,C22,C5
Chr2:71848784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr2:71849625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C57
Chr2:71850802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792079.1
483 aa
N
1
242
483
AMP_N
Peptidase_M24
C
PF05195 AMP_N 59-170 aa PF00557 Peptidase_M24 221-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792079.1 Pfam PF05195 AMP_N Domain 59 170 1.1e-31 109.8 Aminopeptidase P, N-terminal domain
XP_057792079.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 221 444 9.9e-54 183.0 Metallopeptidase family M24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936096.1
GAGCCCTTCACTTATAATTAAATTAAAATACTAAGAAAAAGATTCCAACAAAATTTATCTTTCACCAAACGAAAGTACTCTCATGGTACTTGGCATCACAAAATCTAGCTTATGCCAGTGGAACTCCGTAGAGAAGGCGACTCAATATGCATATTCTCCGTATAAACCTACTGCGTAGATTCTCCCCCAATTTCTACAATGAGGTGAAGGCGAGGGGATTTTCTAGTAGGATAGTGCACGATGTGGGGCAGCCAACAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008951
ATGCATATTCTCCGTATAAACCTACTGCGTAGATTCTCCCCCAATTTCTACAATGAGGTGAAGGCGAGGGGATTTTCTAGTAGGATAGTGCACGATGTGGGGCAGCCAACAGCGAGCACTCATCCGCAGATAATGAAGGAAGGGGAGATTACTCCTGGGATAAGCAGTGATGAGTATATATGGAGGAGGAAGAATTTGTTGAAGCTACTTCCAGAGAATGCTTTGGCAATTTTTGCATCTGCTCCGGTTAAGATGATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792079.1
MHILRINLLRRFSPNFYNEVKARGFSSRIVHDVGQPTASTHPQIMKEGEITPGISSDEYIWRRKNLLKLLPENALAIFASAPVKMMTDVVPYTFRQDADYLYITGCQQPGGVAVLGHNCGLCMFMPETTPQDVMWQGETAGVDAALSTFKADEAYPISALNKILSRMIKCSLQLFHNVNTANSTYVNLETFQKAAYDGKVKDFAVYTHEARWIKSEAELNLMRNSASIASQALLQTLLHSKIFPNEGMLSAKFEYECRMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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