Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005067`

染色体: Chr02 坐标: 72336849-72341748 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005067`
名称	SmilChr02G005067
描述	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	72336849 - 72341748 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009003`
GeneID	`131009003`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009003`
原始查询	`SmilChr02G005067`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 3, chloroplastic
产物	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit-related protein 3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G09130` (AT1G09130) ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837432] identity=77.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0344900` (OsClp5) - identity=67.2; qcov=0.916; evalue=1.21e-127; confidence=high
GO	GO:0004176 (ATP-dependent peptidase activity); GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006515 (protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins); GO:0009368 (endopeptidase Clp complex); GO:0051117 (ATPase binding)
KEGG	-
Pfam	PF00574 (CLP_protease)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792168.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057792168.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792168.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792168.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792168.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:72337773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:72341298`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	C50,C67
`Chr2:72341298`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	2	C50,C67
`Chr2:72341346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr2:72341352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B127,C18
`Chr2:72341376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,C37,C54
`Chr2:72341399`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	C50,C52,C67
`Chr2:72341399`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	C50,C52,C67
`Chr2:72341450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,C67
`Chr2:72341510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:72341516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792168.1

320 aa

160

320

CLP_protease

PF00574 CLP_protease 112-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792168.1`	Pfam	`PF00574`	CLP_protease	Domain	112	291	9.1e-43	147.0	Clp protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936185.1
TATTCAATCCTGACTATTCATCACAAACAAAAGTTATTTACTTTAATAAAAATTGCAAAATTACATATTTGACGACCCGACCCGACCCACACACTGGTAATTCGGGTGTGGATTGTTTGATATCTGCGGTTGAGCTCAGAGCGTCGTCTCCTTCCTCCAAACCAAACACAAAATTTCAATGGCTAACTGTGTGCGGATGCCCATGGCTTCTTCTCTCTGCTGCTCCTCATCAGCTTCCGTCGCACACTCCTCCAAACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009003
ATGGCTAACTGTGTGCGGATGCCCATGGCTTCTTCTCTCTGCTGCTCCTCATCAGCTTCCGTCGCACACTCCTCCAAACGGCGTAGTTTCGGTGCAACCAACAGCGCCAAGATTCCCATGCCTCCTATTAACCCTAAAGACCCCTTTCTATCCAGGCTCGCCTCCCTTGCTGCCACCTCTCCCGATACGCTCCTCAACAGACCCAAAAACTCCGATACGCCGCCGTTTTTGGACGTTTTCGACTCCCCCACCCTCATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792168.1
MANCVRMPMASSLCCSSSASVAHSSKRRSFGATNSAKIPMPPINPKDPFLSRLASLAATSPDTLLNRPKNSDTPPFLDVFDSPTLMATPAQVERSVSYNEHRPRRPPPDLPSLLLHGRIVYIGMPLVPAVTELIVAELMYLQWMDPKEPIYLYINSTGTTRDDGETVGMETEGFAIYDAMMQLKNEIHTVAVGAAIGQACLLLSAGSKGKRFMMPHAKAMIQQPRVPSSGLMPASDVLIRAKEVIINRDILVKLLAKHTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器