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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000877`

染色体: Chr03 坐标: 9951109-9955430 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000877`
名称	SmilChr03G000877
描述	violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	9951109 - 9955430 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017469`
GeneID	`131017469`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017469`
原始查询	`SmilChr03G000877`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	violaxanthin de-epoxidase, chloroplastic
产物	violaxanthin de-epoxidase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G08550` (NPQ1) non-photochemical quenching 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837377] identity=63; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0379700` (RVDE1) - identity=62.9; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0010028 (xanthophyll cycle); GO:0046422 (violaxanthin de-epoxidase activity)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF07137 (VDE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057802204.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057802204.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057802204.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057802204.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802204.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:9952542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C65
`Chr3:9952551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr3:9952634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,C35,C60
`Chr3:9952741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B63,B83,D10
`Chr3:9952743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr3:9952755`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr3:9952767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr3:9952789`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr3:9953435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B26,B46,B6,B69,C50
`Chr3:9953478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr3:9953500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr3:9954085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802204.1

481 aa

240

481

VDE

PF07137 VDE 143-382 aa

XP_057802205.1

481 aa

240

481

VDE

PF07137 VDE 143-382 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802204.1`	Pfam	`PF07137`	VDE	Domain	143	382	2.3e-107	358.6	VDE lipocalin domain
`XP_057802205.1`	Pfam	`PF07137`	VDE	Domain	143	382	2.3e-107	358.6	VDE lipocalin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946221.1
AGGGCTCATAATCACAAGACCCCTTATCCAACCACACATGCTTTCAACTCCACACGTCACCTCTCTTCCCTTCCAAATTCCCAATCTTTTTCTCTCTTTCAACTACTCTATATGCTGAATGCCCAAAAAAAAGAATGCCCACAAACGGCCATTCTTGTTTCACAAATTCAAGGTAGTGAACCATGGCTTTCCCGCTATACTCGGGAGTGCTTTCCAATGGTGAAAGCAAATTACTGCACGATAAATCGAAACTAGTTAGT...

XM_057946222.1
CACAAGACCCCTTATCCAACCACACATGCTTTCAACTCCACACGTCACCTCTCTTCCCTTCCAAATTCCCAATCTTTTTCTCTCTTTCAACTACTCTATATGCTGAATGCCCAAAAAAAAGAATGCCCACAAACGGCCATTCTTGTTTCACAAATTCAAGCCGTTATCTTGAAAGATAAAACTCTCTTAGCTGTTAAATTCATAGAAGATGCAAGCTCATTGAAAATGTCAATGAATTAAGGCGGATAGATTCATGATTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131017469
ATGGCTTTCCCGCTATACTCGGGAGTGCTTTCCAATGGTGAAAGCAAATTACTGCACGATAAATCGAAACTAGTTAGTAGTTGTGAAAGGTTTGGCTGCAGTAGCAGAGCTGATCTCAACGGCGGCAATCTAATGGTAAGAGTAGGTTCGGGTAAATGGAACCTCCGGTACCTGAAGCTGTTAAAAACTCATCAGTTTCGTGAAGGGTTGGGCTCGAGACAGTCGCCCATAGGGACGGGGAAGAGTGCTCCTTCGAACCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057802204.1
MAFPLYSGVLSNGESKLLHDKSKLVSSCERFGCSSRADLNGGNLMVRVGSGKWNLRYLKLLKTHQFREGLGSRQSPIGTGKSAPSNRGISSVIAEVRKKLRFPEALTLDFWKKRSYVEGAAIVVALALMLAPSAGAVDALKTCTCLLKECRLELAKCIANPSCAANVACLNTCNNRPDETECQIKCGDLFANSVVDEFNDCAVSRKKCVPRKSDLGEFPAPDPAVLVQNFNMSDFNGKWFISSGLNPTFDTFDCQLHEFH...

XP_057802205.1
MAFPLYSGVLSNGESKLLHDKSKLVSSCERFGCSSRADLNGGNLMVRVGSGKWNLRYLKLLKTHQFREGLGSRQSPIGTGKSAPSNRGISSVIAEVRKKLRFPEALTLDFWKKRSYVEGAAIVVALALMLAPSAGAVDALKTCTCLLKECRLELAKCIANPSCAANVACLNTCNNRPDETECQIKCGDLFANSVVDEFNDCAVSRKKCVPRKSDLGEFPAPDPAVLVQNFNMSDFNGKWFISSGLNPTFDTFDCQLHEFH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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