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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001294`

染色体: Chr03 坐标: 15132815-15149143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001294`
名称	SmilChr03G001294
描述	sm-like protein LSM5
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15132815 - 15149143 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131017800`
GeneID	`131017800`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131017800`
原始查询	`SmilChr03G001294`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sm-like protein LSM5
产物	sm-like protein LSM5
Arabidopsis	`AT5G48870` (SAD1) Small nuclear ribonucleoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834945] identity=90.5; qcov=0.955; evalue=2.19e-51; confidence=high
Rice	`Os05g0389300` (LSM5) - identity=92.9; qcov=0.966; evalue=7.6e-52; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005688 (U6 snRNP); GO:0046540 (U4/U6 x U5 tri-snRNP complex); GO:1990726 (Lsm1-7-Pat1 complex)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01423 (LSM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131017800

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057802514.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057802514.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057802514.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057802514.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057802514.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15133111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B87,D1,D11
`Chr3:15133122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:15133130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,D11
`Chr3:15133145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,D11
`Chr3:15133154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr3:15133158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:15148781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B131
`Chr3:15148804`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B113,B131
`Chr3:15148804`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B113,B131
`Chr3:15148806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B20
`Chr3:15148822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A21,A5,B66,B77,B9,B99,C26,C47,C75
`Chr3:15148830`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B111,B12,B68,B85,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057802514.1

88 aa

LSM

PF01423 LSM 14-81 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057802514.1`	Pfam	`PF01423`	LSM	Domain	14	81	2.2e-20	72.8	LSM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057946531.1
ATTTTCTTGACATTCTCCACTCTCTTTTTGGACCAAAACCTCAAATTGAAAAACCCTCATTGTTTCTTATATACTTACTTCTTAGTTTAAAAAAAACCCTCGTAAAATTTTCCAAGTATTCGTTCATGTCGTCTAACAATCCATCGCAGCTCCTCCCATTAGAGTTGATTGACCGATGCATCGGGTCGAAAATATGGGTGATAATGAAGGGCGACAAGGAGCTGGTGGGTACCCTCCGCGGCTTCGATGTCTATGTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131017800
ATGTCGTCTAACAATCCATCGCAGCTCCTCCCATTAGAGTTGATTGACCGATGCATCGGGTCGAAAATATGGGTGATAATGAAGGGCGACAAGGAGCTGGTGGGTACCCTCCGCGGCTTCGATGTCTATGTTAATATGGTGTTGGAAGATGTTACTGAATATGAAATCACCTCTGAAGGATGTCGTATTACAAAACTTGACCAGATCTTACTCAACGGCAACAACATTGCCATATTGGTTCCTGGTGGCTCGCCTGACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057802514.1
MSSNNPSQLLPLELIDRCIGSKIWVIMKGDKELVGTLRGFDVYVNMVLEDVTEYEITSEGCRITKLDQILLNGNNIAILVPGGSPDPE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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