当前解析结果
SmilChr03G001422| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001422 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001422 |
| 描述 | probable WRKY transcription factor 53 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 16834462 - 16836337 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131017894 |
|---|---|
| GeneID | 131017894 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131017894 |
| 原始查询 | SmilChr03G001422 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable WRKY transcription factor 53 |
| 产物 | probable WRKY transcription factor 53 |
| Arabidopsis | AT4G23810 (WRKY53)WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828481] identity=41.4; qcov=0.797; evalue=2.55e-61; confidence=medium |
| Rice | Os08g0386200 (OsWRKY69)- identity=35.4; qcov=0.656; evalue=2.13e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03106 (WRKY) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131017894 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057802613.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057802613.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057802613.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057802613.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057802613.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:16834791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C74 |
Chr3:16834966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,B44 |
Chr3:16835023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,C10,C74 |
Chr3:16835521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057802613.1PF03106
WRKY 130-190 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057802613.1 |
Pfam | PF03106 |
WRKY | Domain | 130 | 190 | 7.1e-27 | 94.1 | WRKY DNA -binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。