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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001800

染色体: Chr03 坐标: 24610358-24612542 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001800
名称SmilChr03G001800
描述dynamin-related protein 4C-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向24610358 - 24612542 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018569
GeneID131018569
locus_tag-
NCBI NameLOC131018569
原始查询SmilChr03G001800

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dynamin-related protein 4C-like
产物dynamin-related protein 4C-like
ArabidopsisAT1G60500 (DRP4C)
Dynamin related protein 4C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842345]
identity=61.9; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0260000
-
identity=59.2; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00350 (Dynamin_N); PF01031 (Dynamin_M); PF02212 (GED)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057803267.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803267.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057803267.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057803267.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057803267.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:24610408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B83
Chr3:24610449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:24610553 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C64,C66
Chr3:24610553 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:24610661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr3:24610689 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A6
Chr3:24610689 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A6
Chr3:24610762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:24610767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B91,D7
Chr3:24610949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr3:24611006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,C9,D7
Chr3:24611039 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,C13,C25,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803267.1
696 aa
N
1
348
696
Dynamin_N
Dynamin_M
GED
C
PF00350 Dynamin_N 86-260 aa PF01031 Dynamin_M 268-556 aa PF02212 GED 597-685 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803267.1 Pfam PF00350 Dynamin_N Domain 86 260 5.5e-42 144.3 Dynamin family
XP_057803267.1 Pfam PF01031 Dynamin_M Family 268 556 4.1e-60 204.1 Dynamin central region
XP_057803267.1 Pfam PF02212 GED Family 597 685 1.5e-11 45.0 Dynamin GTPase effector domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947284.1
TAAAGCAGGAAATCATGAGTCGTGACAATCGGAGAGGTATTTTCAAAGCTACTTCATCTAAGCCTGCAAGAGAATACAATAGATCTCTTGTAGATGATAATGAGCAGAATTTGGCTATGGTGACCATAGCCGACGACGATGCAGCTCCCGACGGATCGGTCTACGCCCCGATCGTGTCGTCCTACAACGACAGGATCCGCCCACTGCTGGACGCCGTGGACAGGCTCCGCCACCTCAAAATCATGCAGGAAGGCATCCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018569
ATGAGTCGTGACAATCGGAGAGGTATTTTCAAAGCTACTTCATCTAAGCCTGCAAGAGAATACAATAGATCTCTTGTAGATGATAATGAGCAGAATTTGGCTATGGTGACCATAGCCGACGACGATGCAGCTCCCGACGGATCGGTCTACGCCCCGATCGTGTCGTCCTACAACGACAGGATCCGCCCACTGCTGGACGCCGTGGACAGGCTCCGCCACCTCAAAATCATGCAGGAAGGCATCCAGCTTCCGACCATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803267.1
MSRDNRRGIFKATSSKPAREYNRSLVDDNEQNLAMVTIADDDAAPDGSVYAPIVSSYNDRIRPLLDAVDRLRHLKIMQEGIQLPTIVVVGDQSSGKSSVLESLAGISLPRGQGICTRVPLIMRLQNHQNPQPELFLEYDGKVVPTDEEHIAQAIVEATDEIAGQGKGISNHPLTLVVKKRGVPDLTMVDLPGITRVPVHGQPEDIYEQVSRIIMEYITPEESIILNVLSASVDFSTCESIRMSQRVDKTGQRTLAVVTKA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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