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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001888

染色体: Chr03 坐标: 26347528-26349009 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001888
名称SmilChr03G001888
描述serine/threonine-protein kinase UCN-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26347528 - 26349009 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013950
GeneID131013950
locus_tag-
NCBI NameLOC131013950
原始查询SmilChr03G001888

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase UCN-like
产物serine/threonine-protein kinase UCN-like
ArabidopsisAT1G51170 (UCN)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841540]
identity=58.4; qcov=1.07; evalue=4.81e-151; confidence=high
RiceOs08g0504800
-
identity=48.4; qcov=1.1; evalue=1.25e-110; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797871.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797871.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057797871.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797871.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797871.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26347721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:26347762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B59
Chr3:26347783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:26347784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr3:26347878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,C60,D10
Chr3:26347899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:26347909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:26348113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,B98
Chr3:26348128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B78
Chr3:26348467 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr3:26348548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C50
Chr3:26348731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797871.1
367 aa
N
1
184
367
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 14-162 aa PF00069 Pkinase 16-163 aa PF00069 Pkinase 206-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797871.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 14 162 6.9e-23 82.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797871.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 16 163 9.4e-54 183.3 Protein kinase domain
XP_057797871.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 206 310 9.4e-54 183.3 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941888.1
GTGCCAACGCACTAACTCCAATATCCACAATCCCAACACATACGGCCCCGCCTTGTCTGTGTTTTGTTGGTGTTGGTCTAATTAGAATATACACACACATGTGTGCACAATCGTGCAATATATATGATCTCCTCTCGCGGAGCCCAAACACTAACAGTAATCCCCTCGTGAAATCATCATGGATACTCCTCCGCCGCTGCTCCACATAGACAACCTACGCGCCGTCAAGGTACTCGGCAAAGGCGCCACCGGCACGGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013950
ATGGATACTCCTCCGCCGCTGCTCCACATAGACAACCTACGCGCCGTCAAGGTACTCGGCAAAGGCGCCACCGGCACGGTATTCCTCGTCCACGACAAGTCCGGCGGCCAGCCCTTCGCCCTCAAGGTAGCCGAGAAATCCTCCGCCCACCGCCGCGCCCGCCACGAGATCTCTGTCCTCCGCCGCCTCCCTCCCCACCCCTTCCTGCCCCACCTGATCTGCTCCTTCGAGGACGACGAGTTCATCTGCTGGGGCATCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797871.1
MDTPPPLLHIDNLRAVKVLGKGATGTVFLVHDKSGGQPFALKVAEKSSAHRRARHEISVLRRLPPHPFLPHLICSFEDDEFICWGIPFCPGGDLNVLRHRQSDRVFSPAVIRFYLAEIVCALQHLHQQGIVYRDLKPENILVQLSGHVTLTDFDLSRDLAVRKSHFYSHTIPKSNTRSRFALGKKKAKSARVSPVSRRNPIEDFSANERSNSFVGTEEYVAPEMIRGDGHEFSVDWWALGVLAYEMLYGTTPFKGRNRKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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