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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002230

染色体: Chr03 坐标: 35208085-35209102 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002230
名称SmilChr03G002230
描述abscisic acid receptor PYL4-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向35208085 - 35209102 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016453
GeneID131016453
locus_tag-
NCBI NameLOC131016453
原始查询SmilChr03G002230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid receptor PYL4-like
产物abscisic acid receptor PYL4-like
ArabidopsisAT2G38310 (PYL4)
PYR1-like 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818411]
identity=77.8; qcov=0.763; evalue=7.43e-80; confidence=high
RiceOs03g0297600 (OsPYL/RCAR4)
-
identity=67.1; qcov=0.807; evalue=7.87e-68; confidence=high
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00407 (Bet_v_1); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016453

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057801135.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057801135.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057801135.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057801135.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801135.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:35208281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C1
Chr3:35208356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:35208396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,C42,C6
Chr3:35208412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B66,C77,D2
Chr3:35208434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr3:35208542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B82
Chr3:35208566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C64,C66
Chr3:35208858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr3:35208864 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 A5,B1,B101,B135,B58,B7,B78,B8,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801135.1
207 aa
N
1
104
207
Polyketide_cyc2
Bet_v_1
C
PF10604 Polyketide_cyc2 58-194 aa PF00407 Bet_v_1 80-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801135.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 58 194 1.5e-18 68.1 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
XP_057801135.1 Pfam PF00407 Bet_v_1 Domain 80 163 1.5e-06 28.9 Pathogenesis-related protein Bet v 1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945152.1
TAGTAAACATACCTAAATCCTATCTTATTGCCCTCACATCACATGAATCTCATATCCTCCTTTAGAAAATCCAACTACCTCTCCATTCTCACTCGACAACAAACTCTTCTTAAACAATTTGAAACCCCTTCTTCTCTCTCCCTCTCTCTATAAAATAGTAAACCCTTCTCTTTCTTTGCCCCTTCTCTCAAAAACATAAGTGGAATTCCAAAACACAAAAACACATCAAAATCCAAAATGCCTTCGGATCTTCAAAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016453
ATGCCTTCGGATCTTCAAAAATCCTCCCTCCTACTTCAACGATTCACCGAAACACCAACCGCCGCTACCGCCTATAAACAGCCTTACCGCCACGCGACGGCCGCTCATCAAGTCCCCGACAACGTGGCCCGCTACCACACCCACGCCGTGGGCCCCAACCAGACCTGCTCGGCCACGACGCAGCTCATCTCAGCCCCCGTCGCCACCGTGTGGTCCGTGGTCCGGCGCTTCGACAACCCGCAGGCCTACAAGCATTTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801135.1
MPSDLQKSSLLLQRFTETPTAATAYKQPYRHATAAHQVPDNVARYHTHAVGPNQTCSATTQLISAPVATVWSVVRRFDNPQAYKHFVKSCHVILGDGDVGTLREIRVISGMPAVSSTERLEILDEERHVISFRIVGGDHRLANYRSVTTLHAAPNGAGTVVVESYVVDVPPGNTEEETCVFVDTIVRCNLHSLAHIAQNLCRRNLSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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