当前解析结果
SmilChr03G002651| 统一新 Gene ID | SmilChr03G002651 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G002651 |
| 描述 | phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 42171587 - 42173594 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015841 |
|---|---|
| GeneID | 131015841 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015841 |
| 原始查询 | SmilChr03G002651 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like |
| 产物 | phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase subunit P-like |
| Arabidopsis | AT2G39445 (AT2G39445)Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase, GPI19/PIG-P subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240988] identity=48; qcov=0.794; evalue=1.53e-35; confidence=medium |
| Rice | Os03g0640300- identity=52.7; qcov=0.355; evalue=1.4e-14; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | smil00563 (Glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF08510 (PIG-P) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015841 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057800262.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057800262.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057800262.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057800262.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800262.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:42171676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr3:42171719 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,D11 |
Chr3:42171967 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,B78,B86 |
Chr3:42171989 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B85,C44,D6 |
Chr3:42172469 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr3:42173306 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,C23,D11 |
Chr3:42173368 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A7,B127,B80 |
Chr3:42173368 |
C |
CAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | A7,B127,B80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800262.1PF08510
PIG-P 36-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800262.1 |
Pfam | PF08510 |
PIG-P | Family | 36 | 149 | 4e-28 | 98.4 | PIG-P |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。