Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002793`

染色体: Chr03 坐标: 44413509-44417138 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002793`
名称	SmilChr03G002793
描述	FT-interacting protein 1
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	44413509 - 44417138 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015962`
GeneID	`131015962`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015962`
原始查询	`SmilChr03G002793`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	FT-interacting protein 1
产物	FT-interacting protein 1
Arabidopsis	`AT5G48060` (AT5G48060) C2 calcium/lipid-binding plant phosphoribosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834858] identity=65.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0370600` (OsFTIP7) - identity=68.7; qcov=0.765; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00168 (C2); PF08372 (PRT_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057800461.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057800461.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057800461.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057800461.1`
5	Endosome	内体	0.20000	`XP_057800461.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:44413713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B137,B76,C37
`Chr3:44413848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B19,B40,B55,B85
`Chr3:44413881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B40,C39
`Chr3:44413914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:44414005`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	222	A1,A10,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B35,B36,B38,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D8,D9
`Chr3:44414009`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	222	A1,A10,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B28,B3,B30,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D6,D8,D9
`Chr3:44414057`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B22,B78,B87,B90
`Chr3:44414057`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B22,B78,B87,B90
`Chr3:44414059`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	129	A1,A10,A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A4,A7,A8,B1,B101,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B125,B126,B133,B134,B135,B14,B18,B19,B2,B20,B23,B24,B28,B3,B30,B34,B35,B36,B38,B43,B44,B45,B47,B49,B50,B51,B56,B57,B60,B61,B64,B65,B72,B74,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B91,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C21,C24,C25,C26,C27,C29,C33,C34,C35,C36,C40,C41,C43,C44,C45,C5,C50,C55,C57,C58,C60,C62,C65,C67,C69,C72,C73,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C9,D1,D10,D4,D8,D9
`Chr3:44414062`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B88
`Chr3:44414062`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B88
`Chr3:44414063`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	132	A1,A10,A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A4,A7,A8,B1,B101,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B125,B126,B133,B134,B135,B14,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B28,B3,B30,B34,B35,B36,B38,B43,B44,B45,B47,B49,B50,B51,B56,B57,B60,B61,B64,B65,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B90,B91,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C21,C24,C25,C26,C27,C29,C33,C34,C35,C36,C40,C41,C43,C44,C45,C5,C50,C55,C57,C58,C60,C62,C65,C67,C69,C72,C73,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C9,D1,D10,D4,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800461.1

1015 aa

508

1015

PRT_C

PF00168 C2 2-103 aa PF00168 C2 295-399 aa PF00168 C2 452-558 aa PF00168 C2 606-715 aa PF08372 PRT_C 860-1015 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800461.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	2	103	1.1e-88	292.9	C2 domain
`XP_057800461.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	295	399	1.1e-88	292.9	C2 domain
`XP_057800461.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	452	558	1.1e-88	292.9	C2 domain
`XP_057800461.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	606	715	1.1e-88	292.9	C2 domain
`XP_057800461.1`	Pfam	`PF08372`	PRT_C	Family	860	1015	1.6e-75	252.9	Plant phosphoribosyltransferase C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944478.1
CCCAGTTCAAATTACCTTATCACTCCTATTGCTTTTACCTACTTAGGCATTGCTGCATTCAGAAGAATGGAATGTCTCTCAAAAAAGTGACAGACAAACAAATAAGAGTTAATTCACTTTTATCACTAAATATTTCTTTCCCTCTTTTTAGAACTCCAACACAAAGGGCCTTGATACCTTACCTCCAAAATTGTTTGCTACATCAACTAAATGTGCAGCTTCTTGATCAAATCATTCTTTCCTTGAAACCCTGATGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015962
ATGAAGTTGGTGGTGGAAGTTATAGATGCTCATGATCTCATGCCCAAAGACGGCCTTGGATCAGCCAGTCCATACGTCGAAGTCGATTTCCAAAACCAGCTGAGTCGAACCAAAACCATCCCCAAAAACCTCAACCCCATTTGGAACCAGAAGCTCTTGTTTGATCTCGACAGCCACCACCTCCATTCTAGCATTGAGGTCTCCGTGTACCACGAGAGGCGGCCTGTCCCCGGCAGGAGCTTTCTTGGGAGGGTTAGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800461.1
MKLVVEVIDAHDLMPKDGLGSASPYVEVDFQNQLSRTKTIPKNLNPIWNQKLLFDLDSHHLHSSIEVSVYHERRPVPGRSFLGRVRISCSNLVSKGDQVYQSFQLESKSFLSFVKGEIGLKIYTSSSESHHPNNSTPKISSLPTTTTTTQAPIVDDSITLIQVKGNTKTHTNQAETASATRIPIQEAHTSVIEECGGVRSETTRHIHKHQQSTPSSVTRTDRVHHLTMQQQQQTGPKLRRRAEHEPNVRSQGDDDFEVKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器