Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003595`

染色体: Chr03 坐标: 54584497-54587666 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003595`
名称	SmilChr03G003595
描述	alpha-L-fucosidase 1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	54584497 - 54587666 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014473`
GeneID	`131014473`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014473`
原始查询	`SmilChr03G003595`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha-L-fucosidase 1-like
产物	alpha-L-fucosidase 1-like
Arabidopsis	`AT2G28100` (FUC1) alpha-L-fucosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817355] identity=53.1; qcov=0.941; evalue=2.31e-176; confidence=high
Rice	`Os09g0520800` - identity=63.2; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004560 (alpha-L-fucosidase activity); GO:0005764 (lysosome); GO:0006004 (fucose metabolic process); GO:0016139 (glycoside catabolic process)
KEGG	smil00511 (Other glycan degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01120 (Alpha_L_fucos)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014473

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057798450.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057798450.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057798450.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798450.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798450.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:54584831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C61
`Chr3:54584836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B53,B8
`Chr3:54584866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B90,B92
`Chr3:54585001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr3:54585067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:54585298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:54587057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr3:54587174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr3:54587306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:54587375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798450.1

494 aa

247

494

Alpha_L_fucos

PF01120 Alpha_L_fucos 71-336 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798450.1`	Pfam	`PF01120`	Alpha_L_fucos	Domain	71	336	5.1e-36	125.5	Alpha-L-fucosidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942467.1
AATATTTCCATTCCTTTTGGTCCCCATTTTCATAACCCCACCCACCCACTCACCCAAATTCCTTGTTTTCATCGTAATTAAATTAGTATCCCATCAAGCTAGCTAGGTAGAGATAGTAATGGCTGAAACTCATAATTTCTTGCGCTTCTCAACATTGCTTTTGGTATTCCAATTAGGCTTCTCATGGAGTGATGTAGCAACCCCACCTCTGCCGATTCCTCCATTGCCATCATATTCCCAATTGAAATGGCAGCAACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014473
ATGGCTGAAACTCATAATTTCTTGCGCTTCTCAACATTGCTTTTGGTATTCCAATTAGGCTTCTCATGGAGTGATGTAGCAACCCCACCTCTGCCGATTCCTCCATTGCCATCATATTCCCAATTGAAATGGCAGCAACGAGAGATGATAATGTTCCTCCATTTTGGTGTCAACACCTTCACCGATAGAGAATGGGGCACCGGGCTGGAAAGCCCGTCTCTATTCAATCCAACGGGCCTCAACGCCAACCAATGGGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798450.1
MAETHNFLRFSTLLLVFQLGFSWSDVATPPLPIPPLPSYSQLKWQQREMIMFLHFGVNTFTDREWGTGLESPSLFNPTGLNANQWADTAAEAGVSLMILTAKHHDGFCLWPSKYTDHSVMGSPWKNGRGDVVREFVDAAKARGIDSGLYLSPWDRHDPRYGHDKLYNEYYLAQLQELLNRYGDVREIWFDGAKGSNAKNMRYYFKDWFSMVRELQSSINIFSDAGPDVRWVGDEKGYAGSTCWSTINATSLSIGNATIIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器