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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G004172`

染色体: Chr03 坐标: 60465295-60467056 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G004172`
名称	SmilChr03G004172
描述	probable sarcosine oxidase
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	60465295 - 60467056 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015045`
GeneID	`131015045`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015045`
原始查询	`SmilChr03G004172`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable sarcosine oxidase
产物	probable sarcosine oxidase
Arabidopsis	`AT2G24580` (AT2G24580) FAD-dependent oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816994] identity=59.6; qcov=1; evalue=2.22e-179; confidence=high
Rice	`Os09g0498500` - identity=53.5; qcov=0.976; evalue=1.18e-142; confidence=high
GO	GO:0008115 (sarcosine oxidase activity); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG	smil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01134 (GIDA); PF01266 (DAO)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057799224.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057799224.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057799224.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057799224.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057799224.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:60465664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C66
`Chr3:60465754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr3:60465775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B50,C18
`Chr3:60465913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:60466021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,B77
`Chr3:60466027`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:60466139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr3:60466166`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B100,B58,B83
`Chr3:60466426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr3:60466546`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C29
`Chr3:60466546`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C29
`Chr3:60466621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C16,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799224.1

410 aa

205

410

GIDA

DAO

PF01134 GIDA 10-38 aa PF01266 DAO 10-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057799224.1`	Pfam	`PF01134`	GIDA	Family	10	38	5.7e-07	29.6	Glucose inhibited division protein A
`XP_057799224.1`	Pfam	`PF01266`	DAO	Domain	10	372	1.8e-45	156.8	FAD dependent oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057943241.1
TCACAATATTATTATTATTTTTATTTATAGTAATAATATTCATAAACTCCATCCACAATAATAGTGGACTCAAATATCATTTACAACAATATTCACTTATAATAATATAAGTGTTGTTTATGAAGTGACAATGATGGATGAAGAGAATATATAATAAAAAATGTTTAGAAAACGAATTTTTTGAGCACTAGCATTCACTTTGTTTATTAGTTGGTTGCAGGTACCTTGTCGTACCCACGGAAGCTTCCTTAAATAAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015045
ATGGAGCCTGCCCACCACCTGCACTTCGACGTCATCGTCATCGGCGCCGGCGTCATGGGCAGCTCCGCCGCCTACCAGACCTCCAAGCGCCGCCTCAAAACCCTCCTCCTCGAGCAGTTCGACTTCCTCCACCACCGCGGCTCCTCCCACGGCGAGTCCCGCACCACCCGCGCCACCTACCCCGAGGACTACTACTCCGCCATGGTCCTCGAGTCCTCCCGCCTCTGGCGCCAAGCCGAGGCCGAAGCCGGCTACAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057799224.1
MEPAHHLHFDVIVIGAGVMGSSAAYQTSKRRLKTLLLEQFDFLHHRGSSHGESRTTRATYPEDYYSAMVLESSRLWRQAEAEAGYKVCFSTRQLDIGPSHNKALLAVIDSCRKNSIPAAVLHRGQLLDEFSGMFDIPEDWIGVVTQHGGVIKPTKAVAMFQTLALRNGAVLRDNAEVVSVCRDAETNAIAVATADGVRYRCRKCVITAGPWTRKLVKKVRGIELPVQPLETAVHYWKVNEGHEGKFTIESGFPTFASYGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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