当前解析结果
SmilChr03G004237| 统一新 Gene ID | SmilChr03G004237 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G004237 |
| 描述 | copalyl diphosphate synthase CPS1, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 60900285 - 60905623 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131015110 |
|---|---|
| GeneID | 131015110 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015110 |
| 原始查询 | SmilChr03G004237 |
这些条目来自人工核对的文献基因名与当前参考基因组的映射。置信度反映映射证据强度，不代表该功能已在本材料中完成实验验证。
| 文献基因名 | 映射置信度 | 映射证据 | 文献功能摘要 |
|---|---|---|---|
SmCPS1 | high | Website function annotation keyword: copalyl diphosphate synthase CPS1, chloroplastic | Copalyl diphosphate synthase involved in tanshinone/diterpene biosynthesis; CRISPR mutagenesis target. |
这些记录来自论文中明确给出的 accession，并通过序列比对映射到当前参考版本。网站定位属于计算预测；论文中的实验定位和互作单独列出。
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | copalyl diphosphate synthase CPS1, chloroplastic |
| 产物 | copalyl diphosphate synthase CPS1%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT4G02780 (GA1)Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828182] identity=42.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os02g0278700 (OsCPS1)- identity=41.9; qcov=0.938; evalue=0; confidence=medium |
| GO | GO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009686 (gibberellin biosynthetic process); GO:0010333 (terpene synthase activity) |
| KEGG | smil00904 (Diterpenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01397 (Terpene_synth) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015110 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.80000 | XP_057799344.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057799344.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057799344.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057799344.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057799344.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:60900517 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B77 |
Chr3:60900822 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr3:60901104 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B87,C21,C70,D1 |
Chr3:60901383 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B77 |
Chr3:60903359 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr3:60903840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr3:60904080 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,C83 |
Chr3:60904336 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr3:60904339 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A1,B60,B95 |
Chr3:60904408 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B93 |
Chr3:60904543 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr3:60904556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B15,B77,C8,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057799344.1PF01397
Terpene_synth 265-469 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057799344.1 |
Pfam | PF01397 |
Terpene_synth | Repeat | 265 | 469 | 5.9e-44 | 150.7 | Terpene synthase, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。