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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G004646

染色体: Chr03 坐标: 64019175-64020069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G004646
名称SmilChr03G004646
描述17.3 kDa class II heat shock protein-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向64019175 - 64020069 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015464
GeneID131015464
locus_tag-
NCBI NameLOC131015464
原始查询SmilChr03G004646

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述17.3 kDa class II heat shock protein-like
产物17.3 kDa class II heat shock protein-like
ArabidopsisAT5G12020 (HSP17.6II)
17.6 kDa class II heat shock protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831075]
identity=67.6; qcov=0.955; evalue=3.39e-55; confidence=high
RiceOs01g0184100 (OsHsp18.0)
-
identity=66.7; qcov=0.968; evalue=1.59e-47; confidence=medium
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00011 (HSP20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057799867.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057799867.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057799867.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799867.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057799867.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:64019441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C77
Chr3:64019516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr3:64019519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B35,D5
Chr3:64019669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:64019693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:64019729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:64019769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C82
Chr3:64019774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C8
Chr3:64019780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr3:64019784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:64019786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr3:64019806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057799867.1
155 aa
N
1
78
155
HSP20
C
PF00011 HSP20 49-152 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057799867.1 Pfam PF00011 HSP20 Domain 49 152 8.5e-30 103.6 Hsp20/alpha crystallin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057943884.1
TCGATCGTTCTTGAAAAAAAGAGAACAATGTAGCAATCTCCATTATATGCCCATCATTAGCTATCCCAATCTCTCGTTAATTTCCAAGAACCATCTAGCAACAACCAAACAAATCCATTATCAACCTTCTCCACCAAACTATAAATATCACCATCTTCAACCTCACTCACCATCGTCAATCTAAACAGAGCTACTCGTAAGTTATTCGAATACGAATTATTTATTTCAGAAAGAAAATAATGGATATGCGACACCTCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015464
ATGGATATGCGACACCTCGGCGGCGTCGACAACGTCCTCCTCTCGACGCTCCTCGACCTCGCCGACGAGGGCGAGAAGCCGGCGCAGAGCAACCCGTCGAGGGCCTACGTCCGCGACGCGAAGGCCATGGCGGCGACGCCGGCCGACGTGAAGGAGTACCCGGCCTCGTACGCGGTGGTGGTGGACATGCCCGGGATCGCGGCGGCGGACATCACGGTGCAGCTCGAGGACGACAACGTGCTGGTGGTGAGCGGCGAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799867.1
MDMRHLGGVDNVLLSTLLDLADEGEKPAQSNPSRAYVRDAKAMAATPADVKEYPASYAVVVDMPGIAAADITVQLEDDNVLVVSGERRREKEEGVKYLRMERRHGKFMRKFPLPENADVDAISAVCRDGVLTVTVRKLPPPEPKKPKTIEVKVGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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