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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000010`

染色体: Chr04 坐标: 154530-164557 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000010`
名称	SmilChr04G000010
描述	protein VASCULAR ASSOCIATED DEATH 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	154530 - 164557 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022820`
GeneID	`131022820`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022820`
原始查询	`SmilChr04G000010`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein VASCULAR ASSOCIATED DEATH 1, chloroplastic
产物	protein VASCULAR ASSOCIATED DEATH 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G02120` (VAD1) GRAM domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839232] identity=44.3; qcov=1.01; evalue=4.98e-174; confidence=medium
Rice	`Os07g0491600` - identity=39.5; qcov=0.452; evalue=1.45e-58; confidence=medium
GO	GO:0043069 (negative regulation of programmed cell death)
KEGG	-
Pfam	PF02893 (GRAM); PF16016 (VASt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057808329.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.40000	`XP_057808329.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057808329.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808329.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808329.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:154939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,C2,C54,C85
`Chr4:155766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr4:155814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B9
`Chr4:155889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B24,B26,C38
`Chr4:157070`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr4:157081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr4:158944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B48,B98
`Chr4:159662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:160039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B85,B9
`Chr4:160098`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C57
`Chr4:160981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr4:161040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808329.1

640 aa

320

640

GRAM

VASt

PF02893 GRAM 71-174 aa PF16016 VASt 292-440 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808329.1`	Pfam	`PF02893`	GRAM	Domain	71	174	2.4e-22	79.6	GRAM domain
`XP_057808329.1`	Pfam	`PF16016`	VASt	Domain	292	440	1.9e-37	129.6	VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952346.1
AAAGGAATTTGTAGAGTCGAAGAGTGAATGACTCAAATAAGACTTCATTGTCAAAAATTCCAAATACTCAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAGAGACTTCATTGTCAAAAACAACTTGGCTGTTGAGGCCGACTCCGAAACTGCGATCAAAAGCTTAAACAACCGACACTCCCACTAACCGTTTGCAAACAGACCCCAACCAAACGGCCCTCAAATTCTCCGCCGTCGACGTCGCCGCACGCACACAGTAGACGTGTATATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022820
ATGGCGGCTATGATGTCGGAGAAGATGGTGGACCCCACCCCAACGCCTGCGGCCTCAATCACTCGCAATTCTTCCGAACAGTTTTCCGCCGAATCTCCGGCCGATTCACCGTCTCTGGAACCACCCAATCGCTCACCCTCCTCCACTCCCAGTCCTTCCAGGCAGCAGCTTGATGATCTTCAGGGTCACCTGCCTACGAGAGTTGAAGAGTATCGGCAGCTGTTTCGTCTTCCATCTGATGAAGTTCTCATCCAAGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808329.1
MAAMMSEKMVDPTPTPAASITRNSSEQFSAESPADSPSLEPPNRSPSSTPSPSRQQLDDLQGHLPTRVEEYRQLFRLPSDEVLIQDFNCALQENFLLQGHMYLFGHYICFYSNLFGFETKKVIPFNEITSLRRAKAVAVFPTAIEIIAGGKKYFFTSFLFRDEAYKLINEGWLHHGCGSKEITDQQEPKPDVPSQENGIYIVEESGSARQSLDESDITGSDNNHNNHLISEGSKHLADGEPEIIPTSSVMEVKEEPSALS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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