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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000157`

染色体: Chr04 坐标: 1371574-1377630 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000157`
名称	SmilChr04G000157
描述	transcription factor PIF3
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	1371574 - 1377630 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022088`
GeneID	`131022088`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022088`
原始查询	`SmilChr04G000157`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor PIF3
产物	transcription factor PIF3
Arabidopsis	`AT1G09530` (PIF3) phytochrome interacting factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837479] identity=38.5; qcov=0.817; evalue=1.01e-68; confidence=medium
Rice	`Os01g0286100` (PIL15) - identity=41; qcov=0.537; evalue=4.99e-55; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00010 (HLH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807462.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807462.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807462.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807462.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807462.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:1372969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr4:1372981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B107,B46,B69
`Chr4:1372998`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	167	A1,A10,A11,A16,A18,A19,A20,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B102,B103,B104,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B12,B121,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B130,B132,B134,B135,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B77,B78,B79,B8,B81,B82,B85,B86,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C11,C12,C14,C17,C18,C19,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C48,C49,C5,C51,C52,C55,C57,C58,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C69,C74,C77,C78,C79,C85,C86,C9,D1,D11,D3,D5,D8
`Chr4:1373116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr4:1373131`	`CTA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	139	A10,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A7,A9,B100,B105,B106,B107,B108,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B122,B123,B126,B13,B130,B131,B132,B133,B135,B137,B138,B140,B17,B20,B21,B22,B23,B25,B27,B28,B3,B33,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B5,B53,B54,B59,B60,B61,B62,B65,B67,B68,B70,B71,B72,B75,B77,B8,B80,B81,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B99,C10,C11,C13,C15,C17,C19,C2,C20,C21,C25,C26,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C38,C39,C40,C42,C43,C45,C47,C49,C50,C51,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C87,C9,D10,D2,D3,D6,D7,D8
`Chr4:1373135`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	139	A10,A13,A14,A16,A18,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A7,A9,B100,B105,B106,B107,B108,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B122,B123,B126,B13,B130,B131,B132,B133,B135,B137,B138,B140,B17,B20,B21,B22,B23,B25,B27,B28,B3,B33,B35,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B5,B53,B54,B59,B60,B61,B62,B65,B67,B68,B70,B71,B72,B75,B77,B8,B80,B81,B88,B89,B90,B91,B92,B93,B99,C10,C11,C13,C15,C17,C19,C2,C20,C21,C25,C26,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C38,C39,C40,C42,C43,C45,C47,C49,C50,C51,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C87,C9,D10,D2,D3,D6,D7,D8
`Chr4:1373355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr4:1373440`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	104	A1,A13,A15,A16,A18,A19,A20,A23,A5,A8,B103,B104,B107,B109,B11,B113,B114,B115,B117,B12,B120,B125,B128,B131,B138,B139,B15,B2,B23,B24,B25,B28,B31,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B45,B47,B49,B50,B52,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B64,B66,B67,B68,B72,B74,B76,B77,B78,B8,B83,B85,B86,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C22,C27,C31,C35,C40,C41,C49,C5,C50,C51,C53,C56,C60,C61,C63,C65,C67,C70,C72,C76,C8,C81,C82,C83,C87,D10,D4,D6,D9
`Chr4:1373444`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	105	A1,A13,A15,A16,A18,A19,A20,A23,A5,A8,B103,B104,B107,B109,B11,B113,B114,B115,B117,B12,B120,B125,B128,B131,B138,B139,B15,B2,B23,B24,B25,B28,B31,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B45,B47,B49,B50,B52,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B63,B64,B66,B67,B68,B72,B74,B76,B77,B78,B8,B83,B85,B86,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C22,C27,C31,C35,C40,C41,C49,C5,C50,C51,C53,C56,C60,C61,C63,C65,C67,C70,C72,C76,C8,C81,C82,C83,C87,D10,D4,D6,D9
`Chr4:1373583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr4:1373598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr4:1373812`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807462.1

694 aa

347

694

HLH

PF00010 HLH 431-478 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807462.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	431	478	6e-14	52.3	Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951479.1
TTTTGTGGGGAAGCTAATCTCTGCATATATAAACGAAACTGCCTCTAATTTTTCTTGCTTTTCTGCTCCGCCACCACTAAATTAGCACCCCTTGCGCCGACTTCTAGGAGCCCCTATATTTCTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCACATATATGGTAAATTGGTAATGTATTATACTCCTAGTTTTGAAACCTCGAAGCTCAAACCAAATAGCTGGCTGGTGAAAGATTGAGCTTTTAACCAAGATTAATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022088
ATGCCTCTTTCAGAGTTTTTGAGAATGGCTAGAGGAAAACTTGAATCTGGCCATCAGAAACCGGCTCCGGCCGATATCTCATCTAGGCCTGGGAATGAACTAGTTGAACTAGTTTGGGAGAATGGCCAGGTTGTGATGCAAGGCCAGTCCAGTAGGGCTACAAGAAGCCCTACTCTTAACAATTTATTGTCGAACACGTCTAAAGCTCGTGATGCTGCTACCGCTGCAAGGTATGGGAAATTTGGTGGAGTTGATTCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807462.1
MPLSEFLRMARGKLESGHQKPAPADISSRPGNELVELVWENGQVVMQGQSSRATRSPTLNNLLSNTSKARDAATAARYGKFGGVDSIMNDMVPVVPSGDIDLGQDDEIAPWLSYPIDDALGQDYASEILPHISSVTAHGSSMQNSFVSADKRSSCEQAVNNSQSGASNVKVPSRSSSKDRLFGSWLPQQLRQTSDALGSGVTDNSSDHLDSVFGNPGQSRDTVNGSASTVMDRRSIPPPANCSNFLNFSHFSRPAALAKG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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