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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001422

染色体: Chr04 坐标: 23149220-23158067 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001422
名称SmilChr04G001422
描述potassium transporter 7
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向23149220 - 23158067 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019458
GeneID131019458
locus_tag-
NCBI NameLOC131019458
原始查询SmilChr04G001422

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 7
产物potassium transporter 7
ArabidopsisAT5G09400 (KUP7)
K+ uptake permease 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830799]
identity=76.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0610700 (OsHAK15)
-
identity=63.3; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000325 (plant-type vacuole); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057803992.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057803992.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057803992.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803992.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803992.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:23149566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:23150501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr4:23150847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B45,B56,B96
Chr4:23152255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:23153722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:23157522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:23157578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr4:23157660 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A19
Chr4:23157660 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A19
Chr4:23157718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:23157772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:23157792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B54,B65,B84,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803992.1
844 aa
N
1
422
844
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 99-571 aa PF22776 K_trans_C 601-842 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803992.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 99 571 1.1e-142 476.5 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057803992.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 601 842 1.2e-23 84.3 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948009.1
ACGTTAGACCCAAGCCCTGCCTGGAACCTTTTCTTTCGTTGCGCTGTGCATCAAAGCTTTCTTTTTTTGAGGGTACCTCTGATTCTGAATCAAAGTTGGTTACATTTATTTCACACACACTACCAAAAGCATCGTATGCTGCACAAACCCGATCTCATCACACAAAATACACATATATTATATATATATGTATTTGCTAAATCCATGTATACGTACATCTAGAAAATACGACTACGTGTAGAGAGAGAGAGAGAGGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019458
ATGACGGAGGAGGGATCGGAGAGGGAGAACAGGGGGTTAACGTCGATGGATTCGATGGAGTCGCGCTGGGTGTATCAGGATGAGGAGAGCTCGGAGATCGACAACGACGGTGACGATCGAAACAGCGGCGGCTTGGAATCGCCGCAGCGGGATTCCGACGACGAGGATAATGCGGAGCAGAGGTTGATTCGCACGGGCCCCAGGATTGATTCATTTGATGTCGAAGCGCTCGAAGTTCCCGGCGCTCACAGAAATGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803992.1
MTEEGSERENRGLTSMDSMESRWVYQDEESSEIDNDGDDRNSGGLESPQRDSDDEDNAEQRLIRTGPRIDSFDVEALEVPGAHRNEFESQDATLGRRIALAFQTLGVVFGDVGTSPLYTFSVMFSKAPVNGDEDVLGALSLVLYTLILVSLIKYVLIVLWANDDGEGGTFALYSLICRHAKVSLLPNQLPSDARISSFRLKVPSAELERSLKIKERLEASHTLKKLLLILVLAGTSMVIADGVVTPAMSVISAVGGLKVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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