当前解析结果
SmilChr04G001422| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001422 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001422 |
| 描述 | potassium transporter 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 23149220 - 23158067 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019458 |
|---|---|
| GeneID | 131019458 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019458 |
| 原始查询 | SmilChr04G001422 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | potassium transporter 7 |
| 产物 | potassium transporter 7 |
| Arabidopsis | AT5G09400 (KUP7)K+ uptake permease 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830799] identity=76.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0610700 (OsHAK15)- identity=63.3; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000325 (plant-type vacuole); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019458 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057803992.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057803992.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057803992.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057803992.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803992.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:23149566 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr4:23150501 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr4:23150847 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B127,B45,B56,B96 |
Chr4:23152255 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr4:23153722 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr4:23157522 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr4:23157578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr4:23157660 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A19 |
Chr4:23157660 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr4:23157718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr4:23157772 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:23157792 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B54,B65,B84,C7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803992.1PF02705
K_trans 99-571 aa
PF22776
K_trans_C 601-842 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803992.1 |
Pfam | PF02705 |
K_trans | Domain | 99 | 571 | 1.1e-142 | 476.5 | K+ potassium transporter integral membrane domain |
XP_057803992.1 |
Pfam | PF22776 |
K_trans_C | Domain | 601 | 842 | 1.2e-23 | 84.3 | K+ potassium transporter C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。