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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001716`

染色体: Chr04 坐标: 28374365-28376668 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001716`
名称	SmilChr04G001716
描述	probable pectate lyase 18
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28374365 - 28376668 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019599`
GeneID	`131019599`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019599`
原始查询	`SmilChr04G001716`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase 18
产物	probable pectate lyase 18
Arabidopsis	`AT5G63180` (AT5G63180) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836439] identity=80.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0137201` (OsPLL4.2) - identity=76.9; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4); PF13229 (Beta_helix)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057804164.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057804164.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804164.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804164.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804164.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28374836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,D10
`Chr4:28375648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C14,C9
`Chr4:28375666`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B88,D11
`Chr4:28375758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr4:28376083`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr4:28376084`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr4:28376092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C14
`Chr4:28376143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804164.1

405 aa

202

405

Pectate_lyase_4

Beta_helix

PF00544 Pectate_lyase_4 138-338 aa PF13229 Beta_helix 158-258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804164.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	138	338	2.3e-23	83.5	Pectate lyase
`XP_057804164.1`	Pfam	`PF13229`	Beta_helix	Repeat	158	258	3.7e-06	27.4	Right handed beta helix region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948181.1
TATGGACCCTACTTGTTTAGTTAATTCACGCCATCTTGTCCGGCTTTAATCTCCTTTATAAACTCCATTCATTTCCCTCCCTCTTTCTCACTCATCCTCTTCCATTTCCTTCTCTCTCTCTCTCAAAAACAATTAATGGCTTTCTCCTCACTACCATTCTTGTTCCTCTTGTTTTGCTTCTTGCTCCCTTCTCTCATTGCCTCCTCTCCGCCACTAAAAGACCCTGAATTAGTGGTCCGAGAAGTTCATAGGCAGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019599
ATGGCTTTCTCCTCACTACCATTCTTGTTCCTCTTGTTTTGCTTCTTGCTCCCTTCTCTCATTGCCTCCTCTCCGCCACTAAAAGACCCTGAATTAGTGGTCCGAGAAGTTCATAGGCAGTTGAATGCCTCGAGGAGGAAATTGGGGTTCCTCTCGTGCAACACAGGGAACCCCATCGATGATTGCTGGCGGTGCGACTCCAATTGGGAGAAGAACCGCCAGAAGTTGGCGGATTGTGCAATTGGGTTCGGTAAAAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804164.1
MAFSSLPFLFLLFCFLLPSLIASSPPLKDPELVVREVHRQLNASRRKLGFLSCNTGNPIDDCWRCDSNWEKNRQKLADCAIGFGKNAIGGRDGKIYVVTESGGDDPVNPRPGTLRHAVIQEEPLWIIFARDMVIQLKEELIMNSFKTIDGRGASVHIANGPCITIQGVTNIIIHGIHIHDCKQGGNAMVRDSPRHYGWRTISDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCQDGLIDAIHGSTAITISNNYMTHHDKVMLLGHSDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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