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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001918

染色体: Chr04 坐标: 31275684-31283371 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001918
名称SmilChr04G001918
描述protein MICRORCHIDIA 6
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31275684 - 31283371 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019904
GeneID131019904
locus_tag-
NCBI NameLOC131019904
原始查询SmilChr04G001918

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MICRORCHIDIA 6
产物protein MICRORCHIDIA 6
ArabidopsisAT1G19100 (DMS11)
Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838492]
identity=54.2; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0181700
-
identity=48; qcov=0.746; evalue=2.72e-152; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF02518 (HATPase_c); PF13589 (HATPase_c_3); PF17942 (Morc6_S5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804508.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057804508.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057804508.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804508.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804508.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31275870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr4:31277393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,D6
Chr4:31277640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr4:31277833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C66,C9
Chr4:31277865 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B136,C66,C9
Chr4:31277865 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 B136,C66,C9
Chr4:31277931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:31279289 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C33
Chr4:31279678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:31279685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B65
Chr4:31280054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:31281546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B134,B81,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804508.1
678 aa
N
1
339
678
HATPase_c_3
HATPase_c
Morc6_S5
C
PF13589 HATPase_c_3 139-235 aa PF02518 HATPase_c 141-218 aa PF17942 Morc6_S5 367-502 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804508.1 Pfam PF13589 HATPase_c_3 Domain 139 235 7.6e-16 59.1 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase
XP_057804508.1 Pfam PF02518 HATPase_c Domain 141 218 1.7e-06 29.2 Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase
XP_057804508.1 Pfam PF17942 Morc6_S5 Domain 367 502 1.6e-58 197.5 Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948525.1
TCCCTAAGATGAGTTCCATGAACTTAAATAGCAACCACGGTCTTGGAGAGCTTGGCATGAAAGCTGTTAAATTGGAGCAAGATATCAGAAGATCTTTGCAAGAAAATGAGTCCCCCAAATTTGATTCGATCTGTCGTGAAGAATCCAATTCACTTATTAGAAGGGCTGAAACTGAAAAAAATAGAAGATCGACTGTATTAAGTGCTCCAAATAGTGTCCCCGGTCTGGAGTGCGCTCCAATTGATGATTCAAGCTTTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019904
ATGAGTTCCATGAACTTAAATAGCAACCACGGTCTTGGAGAGCTTGGCATGAAAGCTGTTAAATTGGAGCAAGATATCAGAAGATCTTTGCAAGAAAATGAGTCCCCCAAATTTGATTCGATCTGTCGTGAAGAATCCAATTCACTTATTAGAAGGGCTGAAACTGAAAAAAATAGAAGATCGACTGTATTAAGTGCTCCAAATAGTGTCCCCGGTCTGGAGTGCGCTCCAATTGATGATTCAAGCTTTTGCTCGACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804508.1
MSSMNLNSNHGLGELGMKAVKLEQDIRRSLQENESPKFDSICREESNSLIRRAETEKNRRSTVLSAPNSVPGLECAPIDDSSFCSTSSISPAPICRQFWRAGNYDDRLISKPACQNRTGYLHIHPKFLHSNATSHKWAFGAVAEFLDNSIDEIQNGATFVSVDKTSNPRDGTTALLIQDDGGGMNPEAMRRCISFGFSDKHSKTAIGQYGNGFKTSSMRLGADVVVLSRSMKDRKLTKSVGLLSYTFLTQTGQDRIVVPM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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