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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002005

染色体: Chr04 坐标: 32482842-32484977 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002005
名称SmilChr04G002005
描述uncharacterized SmilChr04G002005
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32482842 - 32484977 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131023663
GeneID131023663
locus_tag-
NCBI NameLOC131023663
原始查询SmilChr04G002005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836405]; symbol=AT5G62840; hit=AT5G62840; species=arabidopsis; confidence=high
产物Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836405]; symbol=AT5G62840; hit=AT5G62840; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G62840 (AT5G62840)
Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836405]
identity=71.7; qcov=1.01; evalue=1.21e-151; confidence=high
RiceOs01g0660900
-
identity=77.7; qcov=0.785; evalue=2.25e-129; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00300 (His_Phos_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131023663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057809190.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057809190.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057809190.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057809190.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809190.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32483237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr4:32484209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,A8
Chr4:32484221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B44,C33,D11
Chr4:32484230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B44,B76,C33,D11
Chr4:32484605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B91,C59,C84
Chr4:32484626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:32484801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B108,C85,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809190.1
297 aa
N
1
148
297
His_Phos_1
C
PF00300 His_Phos_1 79-264 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809190.1 Pfam PF00300 His_Phos_1 Domain 79 264 2.1e-13 51.1 Histidine phosphatase superfamily (branch 1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953207.1
AGACTAGAGCTGCACCTCACTCAACTCCACGCATCCCCACGTGCCTCGGACCAAAGATATTTTTTTTCCTACATCCATTGTATACCAAACACACAAACTTTCGAGTTTTCATTGCAGCGGATGTTCAAAGGAATCTTAACCGTTAACTAACACAAACACAAGAATGCTTGCCACGACAAAACTCGTATCCTCGAACTCAAATCTTCCCACTCCACCTCTATTGTCATCGGATTCTAAACAATCCCAAATCATCTCCATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131023663
ATGCTTGCCACGACAAAACTCGTATCCTCGAACTCAAATCTTCCCACTCCACCTCTATTGTCATCGGATTCTAAACAATCCCAAATCATCTCCATCAACCGCCGCAATCTCTTAGCTTCGCTCTCCACAACTCTCGCCCCATTTTTCACACTTGATGAATTCAAGAACCACGCACATTATGCAGAAGCCCGTGGGCTCTTCCAAATGCCCCCTGCTCGCCTCATAAACAGGTACTATTTGGTGAGAGCAGGGGAGTCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809190.1
MLATTKLVSSNSNLPTPPLLSSDSKQSQIISINRRNLLASLSTTLAPFFTLDEFKNHAHYAEARGLFQMPPARLINRYYLVRAGESQYEGLGIINTNPVAKTSVDNGLSEKGIKQTVRAALELQSMGACESNCWIWPSITQRAYQAAEIIAAVNGISRSYIVPEYSFLDARGLGAYEGKKLDSVSEVYASDSLSPNIKPPPINDGTPNESVQDVFVRVTQLMSILETQYSGNTVVIVSPDSDNLSVLQAGIVGLELRRHM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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