当前解析结果
SmilChr04G002082| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002082 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002082 |
| 描述 | protein EDS1B |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 33583233 - 33586248 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021252 |
|---|---|
| GeneID | 131021252 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021252 |
| 原始查询 | SmilChr04G002082 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein EDS1B |
| 产物 | protein EDS1B |
| Arabidopsis | AT3G48080 (AT3G48080)alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823963] identity=43.5; qcov=0.985; evalue=5.12e-159; confidence=medium |
| Rice | Os09g0392100 (OsEDS1)- identity=46.1; qcov=0.957; evalue=2.62e-174; confidence=high |
| GO | GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01764 (Lipase_3); PF18117 (EDS1_EP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021252 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806345.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057806345.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057806345.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806345.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806345.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:33583502 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr4:33583619 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:33583698 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C85 |
Chr4:33583738 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr4:33584258 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr4:33584279 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B33 |
Chr4:33584279 |
ACT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr4:33584302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr4:33584343 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:33584370 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr4:33584527 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,C83 |
Chr4:33585631 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,B59,B91 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806345.1PF01764
Lipase_3 84-197 aa
PF18117
EDS1_EP 403-594 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806345.1 |
Pfam | PF01764 |
Lipase_3 | Domain | 84 | 197 | 1.8e-22 | 80.5 | Lipase (class 3) |
XP_057806345.1 |
Pfam | PF18117 |
EDS1_EP | Domain | 403 | 594 | 4.9e-55 | 187.1 | Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。