Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002298`

染色体: Chr04 坐标: 37230755-37237458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002298`
名称	SmilChr04G002298
描述	probable polygalacturonase
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	37230755 - 37237458 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021439`
GeneID	`131021439`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021439`
原始查询	`SmilChr04G002298`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable polygalacturonase
产物	probable polygalacturonase
Arabidopsis	`AT3G42950` (AT3G42950) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823351] identity=73.3; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0439400` (OsPGL25) - identity=66.3; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004650 (polygalacturonase activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00295 (Glyco_hydro_28)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057806607.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057806607.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057806607.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057806607.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057806607.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:37231176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C59,C84
`Chr4:37231284`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr4:37232016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr4:37232038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr4:37232074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr4:37232104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,A2,A8
`Chr4:37232527`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C35
`Chr4:37232632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	54	A16,A2,A20,A25,A3,A7,B121,B123,B126,B128,B15,B16,B2,B20,B21,B23,B30,B36,B40,B42,B43,B61,B68,B70,B75,B79,B94,B98,B99,C14,C15,C16,C18,C19,C22,C32,C39,C42,C48,C50,C53,C55,C56,C57,C62,C68,C70,C74,C80,C85,D1,D2,D7,D8
`Chr4:37237046`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,B69
`Chr4:37237128`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A15
`Chr4:37237128`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A15
`Chr4:37237169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806607.1

495 aa

248

495

Glyco_hydro_28

PF00295 Glyco_hydro_28 173-455 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057806607.1`	Pfam	`PF00295`	Glyco_hydro_28	Repeat	173	455	2.1e-46	159.2	Glycosyl hydrolases family 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057950624.1
TTCTATATTAATAGATGATGCGCTGAAAGACTGTCGCTTACCTTGCAATGTACTCCTCCATCTCCATCTCTCCCAGACATGATCTGTGATTGATCGCCATTCGCCACCTTCCACTGCCGCATACCCCAACCACTCTGTGCTCATATGCATTATCCCAATACCATTAACACCGCCCTACAACCACCATTCCCCACACCAAACTCAACTCACCAAACAATCCAATGGTGGAAACGGTCGGGCAGCCCAACGCCGTCCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021439
ATGGTGGAAACGGTCGGGCAGCCCAACGCCGTCCACCACCGCTCTTGGATCCCCTCCGCCGTCACTTTCCTCTCCACCCACAAGACCCTCATCACCTTTTTCTGGATGGTCTTCTTCTTCACCCTCTTTTACTGGCAGCGGGACACCACGCCCGCCGCCGCCGCTGTCTTCATTTTCCGTCGGCCATTTCCGCTTCCACGCGAGCTCCCGAAGCTCCGACCTTCGGTGTATAACCTTACCGACTTTGGAGGGGTGGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057806607.1
MVETVGQPNAVHHRSWIPSAVTFLSTHKTLITFFWMVFFFTLFYWQRDTTPAAAAVFIFRRPFPLPRELPKLRPSVYNLTDFGGVGDGVTLNTAAFEGAVRAISKLGRSGGGQLNVPPGNWLTAPFNLTSHMTLFLAEGAVILGIDDEKYWPLMPPLPSYGYGREHPGPRYGSLIHGQNLRDVVITGHNGTINGQGQTWWKKYRRKLLNHTRGPLVQIMWSTDILISNITLRDSPFWTLHPYDCKNVTINNVTILAPIFE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器