当前解析结果
SmilChr04G002390| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002390 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002390 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 73E1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 38414320 - 38415929 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131021523 |
|---|---|
| GeneID | 131021523 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021523 |
| 原始查询 | SmilChr04G002390 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 73E1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 73E1-like |
| Arabidopsis | AT2G36780 (AT2G36780)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818250] identity=43.3; qcov=1.05; evalue=6.16e-140; confidence=medium |
| Rice | Os01g0176200- identity=42.9; qcov=1.04; evalue=2.17e-119; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | smil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021523 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057806732.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057806732.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057806732.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057806732.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057806732.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:38414930 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B56,B96,B98,C69,C78 |
Chr4:38414930 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B56,B96,B98,C69,C78 |
Chr4:38414961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,C7 |
Chr4:38415003 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr4:38415031 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B56,B96,B98,C11,C69,C78 |
Chr4:38415036 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr4:38415041 |
C |
CAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A14,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6 |
Chr4:38415044 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 38 | A14,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6 |
Chr4:38415045 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,B64 |
Chr4:38415059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:38415144 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 36 | A14,A22,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B140,B15,B16,B37,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6 |
Chr4:38415210 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A14,A22,A25,A4,A7,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057806732.1PF00201
UDPGT 241-370 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057806732.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 241 | 370 | 6.4e-20 | 72.1 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。