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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002390

染色体: Chr04 坐标: 38414320-38415929 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002390
名称SmilChr04G002390
描述UDP-glycosyltransferase 73E1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向38414320 - 38415929 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021523
GeneID131021523
locus_tag-
NCBI NameLOC131021523
原始查询SmilChr04G002390

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 73E1-like
产物UDP-glycosyltransferase 73E1-like
ArabidopsisAT2G36780 (AT2G36780)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818250]
identity=43.3; qcov=1.05; evalue=6.16e-140; confidence=medium
RiceOs01g0176200
-
identity=42.9; qcov=1.04; evalue=2.17e-119; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGGsmil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021523

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806732.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057806732.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806732.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806732.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806732.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:38414930 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B56,B96,B98,C69,C78
Chr4:38414930 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 B56,B96,B98,C69,C78
Chr4:38414961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C7
Chr4:38415003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr4:38415031 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 6 B56,B96,B98,C11,C69,C78
Chr4:38415036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:38415041 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 38 A14,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6
Chr4:38415044 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 38 A14,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6
Chr4:38415045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B64
Chr4:38415059 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:38415144 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 36 A14,A22,A25,A4,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B133,B136,B138,B140,B15,B16,B37,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6
Chr4:38415210 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 39 A14,A22,A25,A4,A7,B105,B111,B115,B121,B126,B130,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B37,B50,B52,B73,B91,C10,C17,C23,C27,C29,C3,C30,C34,C41,C45,C5,C55,C75,C76,C78,D10,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806732.1
457 aa
N
1
228
457
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 241-370 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806732.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 241 370 6.4e-20 72.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950749.1
GTTGTGGAATTTTTTCAATGGCTGAAGAAACACAAGAGCTTCACTTCCTCCTCTTTCCGTTAATGTCACACAGCCATATCATTCCCTTCATTGACTTCGCCATGCTCCTGGCGCAGCGCGGCATCATCGTCTCCATCATCACCACACCTCTCAATTTCACCAGATACCAACCGGCAATCCGCGACGCCGTGGAGGCCGGCCTCAAACTCCGAATGATTCCGTTGGAGTTTCGCGCGGAAGAAGCCGGGCTGCCTCAAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021523
ATGGCTGAAGAAACACAAGAGCTTCACTTCCTCCTCTTTCCGTTAATGTCACACAGCCATATCATTCCCTTCATTGACTTCGCCATGCTCCTGGCGCAGCGCGGCATCATCGTCTCCATCATCACCACACCTCTCAATTTCACCAGATACCAACCGGCAATCCGCGACGCCGTGGAGGCCGGCCTCAAACTCCGAATGATTCCGTTGGAGTTTCGCGCGGAAGAAGCCGGGCTGCCTCAAGGCTGCGAGAACTTGGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806732.1
MAEETQELHFLLFPLMSHSHIIPFIDFAMLLAQRGIIVSIITTPLNFTRYQPAIRDAVEAGLKLRMIPLEFRAEEAGLPQGCENLDSVGSMDGILKFLCACEMLAAPLQKLMPDLHPKPSCIVASVVFPWTDRFNIPMYIFNPNSCFSLFCCLLISPGLPAPPDSEPFVVPDIPHKIEFSAAQFSMIMNLKKPGRSSARGTVANCFEEMEGGYVDRYAKVAGSTVWCIGPVSLCNKKSKDEYNYISWLDSKKEGSVMYVC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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