Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002704`

染色体: Chr04 坐标: 42563794-42565621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002704`
名称	SmilChr04G002704
描述	ethylene-responsive transcription factor RAP2-4
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	42563794 - 42565621 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131021810`
GeneID	`131021810`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131021810`
原始查询	`SmilChr04G002704`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ethylene-responsive transcription factor RAP2-4
产物	ethylene-responsive transcription factor RAP2-4
Arabidopsis	`AT1G78080` (RAP2.4) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844143] identity=45.3; qcov=1.1; evalue=3.94e-77; confidence=high
Rice	`Os09g0369000` (OsERF#050) - identity=40.8; qcov=1.05; evalue=4.27e-58; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00847 (AP2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131021810

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807081.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807081.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807081.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807081.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807081.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:42564444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:42564470`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B99
`Chr4:42564470`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B99
`Chr4:42564626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B33
`Chr4:42564627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B33
`Chr4:42564737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:42564793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B120,B62
`Chr4:42564817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B44,B9
`Chr4:42564833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr4:42564916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr4:42564973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr4:42564985`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807081.1

328 aa

164

328

AP2

PF00847 AP2 148-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807081.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	148	197	1e-14	55.2	AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951098.1
ACGCGGAGGAAATAAAAAAAATATAATAAAAAATTACGGCTAGAGAGAGAAAAACCCTAAAATAGAAAAAATTAATCGGGTAGGGGGGGAGAGAGTGAAAAAGCACTGCCCTCTTCGCCTTTATAAGGCGGCCTCCACCACCATTTCCATAGAGAGAAAAAAATCAGTGAGGCAATCAGTTTAAAAGAGTGATTTTTTACATTTTCGTTTAATTTCCCCCCCTTTCTACTATTCCCCGCTTCTTGGATCCCTTTCTGTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131021810
ATGGCGGCAGCTCTAGATTTTTACGGTTGTAGCAGTTTCTCTAGAGATCCCTTGAGGGAAGAGCTTATGCAAGCACTTGAGCCTTTTATGAAAAGTGCTTCTTCTTCCGATCCCTTTCTCTCTCCTCTTTCTCCCTCTACCTCTTCCTCCGATTCCAACGTGTACGCTGGGTTTGGCTCAATTCCATCAAGAACCCAACCTATTTCACCAGGGTTCTCGAATTTTAGCGAGATGGTGAACGAGCAAACACTCAGCAACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807081.1
MAAALDFYGCSSFSRDPLREELMQALEPFMKSASSSDPFLSPLSPSTSSSDSNVYAGFGSIPSRTQPISPGFSNFSEMVNEQTLSNTVGLNQLTPYQIYQIQAQFHLQQQQQQQQHNFRLQRHHNSSFLGPKPVAMKQAGTPSKPMKLYRGVRQRHWGKWVAEIRLPKNRTRLWLGTFDTAEDAALAYDKAAYKLRGEFARLNFPHLRHQLCRDSSDFKPLQSSVDAKLQAICQNLAANSQKQKQGSSRKSGAAPDQDPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器