当前解析结果
SmilChr04G002795| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002795 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002795 |
| 描述 | glutathione S-transferase DHAR3, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 43810361 - 43814888 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021890 |
|---|---|
| GeneID | 131021890 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021890 |
| 原始查询 | SmilChr04G002795 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase DHAR3, chloroplastic |
| 产物 | glutathione S-transferase DHAR3%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT5G16710 (DHAR3)dehydroascorbate reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831532] identity=64.5; qcov=1.03; evalue=2.66e-128; confidence=high |
| Rice | Os06g0232600 (OsDHAR2)- identity=75.9; qcov=0.851; evalue=5.75e-130; confidence=high |
| GO | GO:0010731 (protein glutathionylation); GO:0033355 (ascorbate glutathione cycle); GO:0045174 (glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity); GO:0098869 (cellular oxidant detoxification) |
| KEGG | smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3); PF22441 (CLIC-like_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021890 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057807201.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057807201.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807201.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807201.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807201.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:43813282 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,A22,B122,B20,B26 |
Chr4:43814013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807201.1PF22441
CLIC-like_N 70-141 aa
PF02798
GST_N 75-130 aa
PF13417
GST_N_3 75-143 aa
PF13409
GST_N_2 76-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807201.1 |
Pfam | PF22441 |
CLIC-like_N | Domain | 70 | 141 | 1.2e-08 | 35.7 | CLIC-like N-terminal domain |
XP_057807201.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 75 | 130 | 2.9e-05 | 25.0 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057807201.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 75 | 143 | 5.4e-17 | 62.6 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057807201.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 76 | 138 | 3.8e-17 | 63.4 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。