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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G002795

染色体: Chr04 坐标: 43810361-43814888 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G002795
名称SmilChr04G002795
描述glutathione S-transferase DHAR3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向43810361 - 43814888 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131021890
GeneID131021890
locus_tag-
NCBI NameLOC131021890
原始查询SmilChr04G002795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase DHAR3, chloroplastic
产物glutathione S-transferase DHAR3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G16710 (DHAR3)
dehydroascorbate reductase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831532]
identity=64.5; qcov=1.03; evalue=2.66e-128; confidence=high
RiceOs06g0232600 (OsDHAR2)
-
identity=75.9; qcov=0.851; evalue=5.75e-130; confidence=high
GOGO:0010731 (protein glutathionylation); GO:0033355 (ascorbate glutathione cycle); GO:0045174 (glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity); GO:0098869 (cellular oxidant detoxification)
KEGGsmil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3); PF22441 (CLIC-like_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131021890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057807201.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057807201.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807201.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807201.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:43813282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A22,B122,B20,B26
Chr4:43814013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807201.1
268 aa
N
1
134
268
CLIC-like_N
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
C
PF22441 CLIC-like_N 70-141 aa PF02798 GST_N 75-130 aa PF13417 GST_N_3 75-143 aa PF13409 GST_N_2 76-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807201.1 Pfam PF22441 CLIC-like_N Domain 70 141 1.2e-08 35.7 CLIC-like N-terminal domain
XP_057807201.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 75 130 2.9e-05 25.0 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057807201.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 75 143 5.4e-17 62.6 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057807201.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 76 138 3.8e-17 63.4 Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951218.1
CTTTGACAGATCAATTTTGCATGGATTGATTTTGTTACATTTGTTCTATACATATAAATTAGAAGAAATATTGAGCAATGCTTCATTCCTTCTCAAAATTAGAAGAAATATTGAGTAATGCATTACTCATTCATTTTCATTGATAATGACTCATTTTTTTATTTTTATCTGTCTCATTTATAATGATACATTTAAAAAAAATCATATTATCTCATAAAAATTTATTAATTCCATTACTTTTTATTATTTTTATCTTTTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131021890
ATGTCGACGGCGAGAATCTCACCGTCAGCGACGGCAATCTCCGCCTCCATCAAACACCTTTCCTTGAGCTCTCCAACCCGCCGGACGTTTCTTATCACTCTGATACCCACGCCGTTAATTGGCCGACGACCGAGAGACCACGCTGCAAAAATATACTCCAAAGCATCGGAGCCGCTCGAAGTCTGTGCCAAAGAATCTCTCACTACTCCCAACAAGCTCGGAGACTGTCCATTCACGCAAAGGGTTTTGCTTACATTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807201.1
MSTARISPSATAISASIKHLSLSSPTRRTFLITLIPTPLIGRRPRDHAAKIYSKASEPLEVCAKESLTTPNKLGDCPFTQRVLLTLEEKNLPYDLKLIDFRNKPEWFLNISPEGKVPLIKLDEKWTPDSDVITQALEEKFPQPSLATPPEKAAVGSKIFSTFIGFLKSKDSSDGTEQALLDQLTDFNSYLEKNGPFINGEGISAADLSLAPKLYHLEIALGHYKKWSVPDSLTYVKSYMKTIFSRDSFIKTRALVQDVIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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