当前解析结果
SmilChr04G002858| 统一新 Gene ID | SmilChr04G002858 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G002858 |
| 描述 | 15.7 kDa heat shock protein, peroxisomal |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 44684477 - 44685418 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131021938 |
|---|---|
| GeneID | 131021938 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131021938 |
| 原始查询 | SmilChr04G002858 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 15.7 kDa heat shock protein, peroxisomal |
| 产物 | 15.7 kDa heat shock protein%2C peroxisomal |
| Arabidopsis | AT5G37670 (AT5G37670)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833746] identity=57.6; qcov=1.01; evalue=2.82e-51; confidence=high |
| Rice | Os06g0253100 (HSP16.0)- identity=48.6; qcov=1.02; evalue=1.48e-43; confidence=medium |
| GO | GO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization) |
| KEGG | smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00011 (HSP20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131021938 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057807263.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057807263.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057807263.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807263.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807263.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:44684696 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr4:44685123 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B11,B32 |
Chr4:44685123 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B11,B32 |
Chr4:44685204 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B130,B63,C53 |
Chr4:44685297 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 45 | A18,A5,B100,B106,B108,B124,B2,B23,B4,B41,B48,B49,B51,B58,B59,B65,B70,B77,B79,B86,B87,B89,B9,C16,C19,C2,C27,C39,C40,C42,C46,C54,C56,C60,C65,C70,C78,C80,C82,C86,D11,D3,D4,D7,D9 |
Chr4:44685328 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807263.1PF00011
HSP20 29-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807263.1 |
Pfam | PF00011 |
HSP20 | Domain | 29 | 140 | 6.2e-19 | 68.7 | Hsp20/alpha crystallin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。