Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002929`

染色体: Chr04 坐标: 45564550-45565728 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002929`
名称	SmilChr04G002929
描述	uncharacterized SmilChr04G002929
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45564550 - 45565728 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022868`
GeneID	`131022868`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022868`
原始查询	`SmilChr04G002929`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	microsomal glutathione s-transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842893]; symbol=AT1G65820; hit=AT1G65820; species=arabidopsis; confidence=high
产物	microsomal glutathione s-transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842893]; symbol=AT1G65820; hit=AT1G65820; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G65820` (AT1G65820) microsomal glutathione s-transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842893] identity=71.8; qcov=0.979; evalue=1.86e-76; confidence=high
Rice	`Os03g0709000` - identity=62.9; qcov=0.966; evalue=2.05e-66; confidence=high
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0004602 (glutathione peroxidase activity); GO:0005635 (nuclear envelope); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01124 (MAPEG)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057808399.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057808399.1`
3	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.40000	`XP_057808399.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057808399.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057808399.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:45564698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr4:45564737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B44,C14
`Chr4:45565150`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A7,B115,B99
`Chr4:45565150`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A7,B115,B99
`Chr4:45565151`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,B91,C67
`Chr4:45565153`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A7
`Chr4:45565153`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A7
`Chr4:45565154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,B91,C67
`Chr4:45565244`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808399.1

145 aa

145

MAPEG

PF01124 MAPEG 15-136 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808399.1`	Pfam	`PF01124`	MAPEG	Family	15	136	1.8e-29	103.2	MAPEG family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952416.1
TGAACGATAAAAGCAAGCCGGCTAAAACCCAGAGAAAATCCTTGTTAAAACCACCACCATCCATTAAATCTACAACACAATATCCCAAAACTGAGATCTAATCAGAAGAAATTTTGAAAATGGGTGGCGTTGAATTGGTACCCAGGGAGTACGGATACGTAGTTCTTGTTCTTGTTTTGTATTGTTTCATCAATTTCTGGATGACTGCGCAAGTTGGGAGAGCCCGCAAGAGGTATAATGTGTCTTATCCGACGCTGTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022868
ATGGGTGGCGTTGAATTGGTACCCAGGGAGTACGGATACGTAGTTCTTGTTCTTGTTTTGTATTGTTTCATCAATTTCTGGATGACTGCGCAAGTTGGGAGAGCCCGCAAGAGGTATAATGTGTCTTATCCGACGCTGTATGCCAGTGAAGCTGATAACAAGGATGCCAAACTCTTCAATTGTGTGCAGAGGGGGCACCAGAACTCACTGGAAATGCTGCCCATGTTCTTGTCGTTGATGATACTGGGTGGAATCAGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808399.1
MGGVELVPREYGYVVLVLVLYCFINFWMTAQVGRARKRYNVSYPTLYASEADNKDAKLFNCVQRGHQNSLEMLPMFLSLMILGGIRHPVIAASLGVVYCISRIFYFKGYSTGDPQKRLSIGKYSFLAIFGLMICTISCGLGMLTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器