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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G002934`

染色体: Chr04 坐标: 45589891-45595856 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G002934`
名称	SmilChr04G002934
描述	nibrin homolog
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	45589891 - 45595856 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023746`
GeneID	`131023746`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023746`
原始查询	`SmilChr04G002934`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nibrin homolog
产物	nibrin homolog
Arabidopsis	`AT3G02680` (NBS1) nijmegen breakage syndrome 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821254] identity=40.8; qcov=1.02; evalue=1.53e-135; confidence=medium
Rice	`Os10g0487300` (NBS1) - identity=39.1; qcov=1; evalue=1.18e-116; confidence=medium
GO	GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0007095 (mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling); GO:0030870 (Mre11 complex); GO:0032508 (GO:0032508)
KEGG	smil03440 (Homologous recombination - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00498 (FHA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023746

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057809292.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057809292.1`
3	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057809293.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.20000	`XP_057809292.1`
5	PML body	PML body	0.20000	`XP_057809293.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:45590176`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B26,C78,D7
`Chr4:45590287`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr4:45590648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C27
`Chr4:45590865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr4:45590951`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	18	A1,A8,B10,B110,B18,B19,B25,B60,B63,B9,B99,C10,C26,C28,C35,C58,C6,C75
`Chr4:45591185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr4:45591194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,C78,D7,D9
`Chr4:45591262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr4:45591264`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:45591280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:45591286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr4:45591293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809292.1

564 aa

282

564

FHA

PF00498 FHA 26-112 aa

XP_057809293.1

563 aa

282

563

FHA

PF00498 FHA 26-112 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809292.1`	Pfam	`PF00498`	FHA	Family	26	112	5.6e-10	40.2	FHA domain
`XP_057809293.1`	Pfam	`PF00498`	FHA	Family	26	112	5.6e-10	40.2	FHA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953310.1
CTTGCTACAGTATTTCATAGCGGTGCGGTGGGATTGAGTGGCAAGGTTAAAAAATTCCATAAGCCGTCGTCAAATCACCTTCCTCTGCCGTTCAACACCGCGAGATGGTTTGGGGCTTATTTCCCGTAGACCCACTTCCAGGTGAAAATGAATACTATATTTTCAGAAAGGGGACATACAAAGCCGGCCGAAAAGGATGTGATGTAATCATCAACAAAGATAAAGGAGTTTCGAGGGTCCATGCTGAAATTATTGTAAAT...

XM_057953309.1
CTTGCTACAGTATTTCATAGCGGTGCGGTGGGATTGAGTGGCAAGGTTAAAAAATTCCATAAGCCGTCGTCAAATCACCTTCCTCTGCCGTTCAACACCGCGAGATGGTTTGGGGCTTATTTCCCGTAGACCCACTTCCAGGTGAAAATGAATACTATATTTTCAGAAAGGGGACATACAAAGCCGGCCGAAAAGGATGTGATGTAATCATCAACAAAGATAAAGGAGTTTCGAGGGTCCATGCTGAAATTATTGTAAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131023746
ATGGTTTGGGGCTTATTTCCCGTAGACCCACTTCCAGGTGAAAATGAATACTATATTTTCAGAAAGGGGACATACAAAGCCGGCCGAAAAGGATGTGATGTAATCATCAACAAAGATAAAGGAGTTTCGAGGGTCCATGCTGAAATTATTGTAAATGAAATGGTTCACATGGATCATTTAGAAAATAGAAATTCAAATAATAACTCTGAAGTTCAGATTAGAGACTGTTCGAAGTATGGAACCTTCATCAACAGATATCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057809292.1
MVWGLFPVDPLPGENEYYIFRKGTYKAGRKGCDVIINKDKGVSRVHAEIIVNEMVHMDHLENRNSNNNSEVQIRDCSKYGTFINRYRGTKEKVHEFPNKEATLEDGDVVAFGTGNARYRFSYVPLVLCAPSSKPSEMNQLQTKMSMIGASVTQAWTSRCTHMVIDDFTPINDEIINSIVARKPLVRLCWIELIAGKTFCTEIPSSLSHAPTLLLEGASLKVADPQSREQCLKGYTFMLDSTHKYKFKEKLRLLLDAGGAN...

XP_057809293.1
MVWGLFPVDPLPGENEYYIFRKGTYKAGRKGCDVIINKDKGVSRVHAEIIVNEMVHMDHLENRNSNNNSEVQIRDCSKYGTFINRYRGTKEKVHEFPNKEATLEDGDVVAFGTGNARYRFSYVPLVLCAPSSKPSEMNQLQTKMSMIGASVTQAWTSRCTHMVIDDFTPINDEIINSIVARKPLVRLCWIELIAGKTFCTEIPSSLSHAPTLLLEGASLKVADPQSREQCLKGYTFMLDSTHKYKFKEKLRLLLDAGGAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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