Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003144`

染色体: Chr04 坐标: 48075141-48076844 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003144`
名称	SmilChr04G003144
描述	3-ketoacyl-CoA synthase 5-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	48075141 - 48076844 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131023939`
GeneID	`131023939`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131023939`
原始查询	`SmilChr04G003144`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	3-ketoacyl-CoA synthase 5-like
产物	3-ketoacyl-CoA synthase 5-like
Arabidopsis	`AT1G25450` (KCS5) 3-ketoacyl-CoA synthase 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839131] identity=83; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0220100` (WSL4) - identity=77.2; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process); GO:0016020 (membrane); GO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG	smil00062 (Fatty acid elongation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02797 (Chal_sti_synt_C); PF08392 (FAE1_CUT1_RppA); PF08541 (ACP_syn_III_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131023939

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057809584.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057809584.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809584.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809584.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809584.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:48075558`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C69
`Chr4:48075558`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C69
`Chr4:48076432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809584.1

485 aa

242

485

FAE1_CUT1_RppA

Chal_sti_synt_C

ACP_syn_III_C

PF08392 FAE1_CUT1_RppA 69-357 aa PF02797 Chal_sti_synt_C 370-449 aa PF08541 ACP_syn_III_C 375-455 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809584.1`	Pfam	`PF08392`	FAE1_CUT1_RppA	Family	69	357	2e-137	458.0	FAE1/Type III polyketide synthase-like protein
`XP_057809584.1`	Pfam	`PF02797`	Chal_sti_synt_C	Domain	370	449	9.4e-10	39.4	Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain
`XP_057809584.1`	Pfam	`PF08541`	ACP_syn_III_C	Domain	375	455	1.1e-12	48.6	3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953601.1
GCGTTGTGCGTCATCAAGTTGTTCATTAAATCCTCCTACCTGCCTACATTGATTGCTCCCTCCACACTTCCAGCTTTTAAATCCCCACCCCGCCCTCACAGCACCACCACCTCCTCATATCAATGGCAGACAAGTACTTGAAGCTAGGCTACCAATACCTAGTCAACCACATCCTGATGCTGCTCCTCATCCCGACGGCGGCGGGAGTGGCGGCGGCGATCCTCCGATGCCCCCCCGAGGAAATGCTGGCGACGTGGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131023939
ATGGCAGACAAGTACTTGAAGCTAGGCTACCAATACCTAGTCAACCACATCCTGATGCTGCTCCTCATCCCGACGGCGGCGGGAGTGGCGGCGGCGATCCTCCGATGCCCCCCCGAGGAAATGCTGGCGACGTGGAAGTCCCTCCACTTAGACAGCCTCCACCTCCTCTGCTTCTCCTTCCTGGGCATCTTCATCGCCACCGTCTACTTCATGTCGAAGCCGCGCTCCATCTACCTGGTGGACTACGCCTGCTACAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809584.1
MADKYLKLGYQYLVNHILMLLLIPTAAGVAAAILRCPPEEMLATWKSLHLDSLHLLCFSFLGIFIATVYFMSKPRSIYLVDYACYKPPVTCRVPFSTFMEHSRLILKDNPKSVDFQMRILERSGLGEETCLPPAIHYIPPTPTMDAARGEAQIVIFSSIDSLMHNTALKPKDIDILIVNCSLFSPTPSLSAMIVNKYKLRSNIKSYNLSGMGCSAGLISIDLARDLLQIHPNSNALVISTEIITPNYYKGSERAMLLPNC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器