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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003494`

染色体: Chr04 坐标: 51365035-51369403 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003494`
名称	SmilChr04G003494
描述	ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	51365035 - 51369403 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020386`
GeneID	`131020386`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020386`
原始查询	`SmilChr04G003494`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic
产物	ribulose-phosphate 3-epimerase%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G61410` (RPE) D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836262] identity=83.7; qcov=1; evalue=1.4e-171; confidence=high
Rice	`Os03g0169100` (RPE) - identity=87.9; qcov=0.908; evalue=2.44e-165; confidence=high
GO	GO:0004750 (D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0006098 (pentose-phosphate shunt); GO:0009052 (pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	smil00030 (Pentose phosphate pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00834 (Ribul_P_3_epim)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057805136.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057805136.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805136.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805136.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805136.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:51366677`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:51367206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B2,C14,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805136.1

282 aa

141

282

Ribul_P_3_epim

PF00834 Ribul_P_3_epim 61-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805136.1`	Pfam	`PF00834`	Ribul_P_3_epim	Domain	61	259	1.9e-87	292.5	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949153.1
TGGGGTGCTTGCTTCATCCAATTCCAGCGTGTAAGACTTCCTTTTGTATCTACCACTGAAGCAATGATGGACCACAACAAACAATCCAAACCCAAAGGCCAAAGCAGTGTGTGTGTGTGTGTGTTACACACACCAACTCCTCCGCAAAACTCAGCAGCCAAGAGTGGCCAACCATTGCCGATAACAAAATACCCCACCTCCCCTTCTGCCCAAAATCCCTCCCGCCACGTGTCGCCCCAATCTCCCGTCCTCAACAACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020386
ATGGCGTCAGCAGCTGCTTCTTTGGGTTCTTCAGCTTTAATTCAGTCAGTTTCTGGTGGGCTTACAGGTCAAAAGCTCTCTCTTGCAATCCCCACTTCTCTCACTTCTACAAGGAGAAGATCTAGAGCTGTAGTTAAGGCAACTGCTCGAGTTGATAAGTTCTCCAAAAGCGACATCATTGTGTCTCCATCAATTCTTTCTGCTAATTTCGCCAAATTAGGAGAGCAGGTCAAAGCAGTGGAGGTGGCAGGTTGTGATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805136.1
MASAAASLGSSALIQSVSGGLTGQKLSLAIPTSLTSTRRRSRAVVKATARVDKFSKSDIIVSPSILSANFAKLGEQVKAVEVAGCDWIHVDVMDGRFVPNITIGPLIVDALRPVTDLPLDVHLMIVEPEQRVPDFIKAGADIVSVHCELASTIHLHRTVNQIKSLGAKAGVVLNPGTPLSTIEYVLDVVDLVLIMSVNPGFGGQSFIESQVKKIVELRRLCAEKGVNPWIEVDGGVGPSNAYKVIEAGANALVAGSAVFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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