Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003814`

染色体: Chr04 坐标: 54283438-54289033 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003814`
名称	SmilChr04G003814
描述	CAAX prenyl protease 1 homolog
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	54283438 - 54289033 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020679`
GeneID	`131020679`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020679`
原始查询	`SmilChr04G003814`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CAAX prenyl protease 1 homolog
产物	CAAX prenyl protease 1 homolog
Arabidopsis	`AT4G01320` (ATSTE24) Peptidase family M48 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828209] identity=84.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0680400` (FACE1) - identity=79.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0071586 (CAAX-box protein processing)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01435 (Peptidase_M48); PF16491 (Peptidase_M48_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057805637.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057805637.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805637.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057805637.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057805637.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:54284107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D11
`Chr4:54284137`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,D11
`Chr4:54284716`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B57,B91,C83
`Chr4:54284752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B35,B55,B75,C46
`Chr4:54285735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:54286708`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr4:54286708`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr4:54287481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr4:54287681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr4:54288142`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B140,B29,B54,D11
`Chr4:54288203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B127,B140,B29,B54,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805637.1

424 aa

212

424

Peptidase_M48_N

Peptidase_M48

PF16491 Peptidase_M48_N 27-210 aa PF01435 Peptidase_M48 214-419 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805637.1`	Pfam	`PF16491`	Peptidase_M48_N	Domain	27	210	2.2e-63	214.1	CAAX prenyl protease N-terminal, five membrane helices
`XP_057805637.1`	Pfam	`PF01435`	Peptidase_M48	Domain	214	419	1.7e-48	165.7	Peptidase family M48

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949654.1
ATTTTAAGAAGTCTATGATATTGATAGGGGTTTCGCTTCTGGGTTCAATTTTGCCCGTATAAATATGATATTTAAAAGACTTGCCCTCTGAAAATCTCATTTGCAGTAGGAAAACCCCCTTTCTCTCTCGTCAGCCATGGCGTTTCCCTACATGGAGGCGGTCGTCGGTTTCATGATACTGGTGTACATTTTTGAGACGTATCTTGATTTGCGGCAGCATGCTGCTCTTAAGCTGCCTACTTTGCCAAAACCACTGGTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020679
ATGGCGTTTCCCTACATGGAGGCGGTCGTCGGTTTCATGATACTGGTGTACATTTTTGAGACGTATCTTGATTTGCGGCAGCATGCTGCTCTTAAGCTGCCTACTTTGCCAAAACCACTGGTAGGAGTGATCAGCCAAGAAAAGTTTGAAAAGTCCCGTGCTTATAGTCTTGAGAAAAGCTATTTCCATTTTGTGCACGAATTTGTAACTATACTCATGGACTCTGCAATTTTGTACTTCGGTATATTGCCCTGGTTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805637.1
MAFPYMEAVVGFMILVYIFETYLDLRQHAALKLPTLPKPLVGVISQEKFEKSRAYSLEKSYFHFVHEFVTILMDSAILYFGILPWFWKRSGEVLVYSGFNAENEILHTLAFLAGVMFWSQITDLPFSLYSTFVIETRHGFNKQTLLLFFRDMAKGILLAIVIGPPIVAAIIIIVQKGGPYLAIYLWGFMLIVSLIMMTVYPVLIAPLFNKFTPLPEGELRTKIENLASSLKFPLKKLFVVDGSTRSSHSNAYMYGFLKNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器