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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003933

染色体: Chr04 坐标: 54968948-54975398 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003933
名称SmilChr04G003933
描述phospholipase A1 PLIP1, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向54968948 - 54975398 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020797
GeneID131020797
locus_tag-
NCBI NameLOC131020797
原始查询SmilChr04G003933

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phospholipase A1 PLIP1, chloroplastic
产物phospholipase A1 PLIP1%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G61680 (AT3G61680)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825341]
identity=53.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0253900 (P0705D01.7-1)
-
identity=47.4; qcov=0.736; evalue=7.42e-138; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008970 (glycerophospholipid phospholipase A1 activity)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057805803.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057805803.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057805803.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057805803.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:54973035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D10
Chr4:54973105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:54973153 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 D6,D8
Chr4:54973153 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 D6,D8
Chr4:54973156 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 D6,D8
Chr4:54973156 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 D6,D8
Chr4:54973161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C33
Chr4:54973249 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr4:54973411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:54973455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B62
Chr4:54973692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,B62
Chr4:54973700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B117,B49,B99,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805803.1
648 aa
N
1
324
648
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 353-490 aa
XP_057805804.1
648 aa
N
1
324
648
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 353-490 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805803.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 353 490 4.5e-27 95.4 Lipase (class 3)
XP_057805804.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 353 490 4.5e-27 95.4 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949821.1
GCTGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATCTACATACAACTATATATATATGTATATATATATGTAAACTCATATTGTGGGAGGAGATGAAAGGGTTAATTTTCTGCACAAACCTCAACTTTCAAGGCCTCATGTTGTCATCAATCAACACTCTTCAATCTTAATAACATCAAAAAAAAAAAAAAAACATTTGGTGTTATGGCGGCGGCGCTACCTCAGATCCCGACGGCGCGAGACGGAGGCGTCGG...
XM_057949820.1
AGTTTCTTGAACACGTAAAAAATCAAACAGCATCTTTGCAAGGTTCCCTCCTTCGTTGCTAACGAGGAGGAGTTTTTTTGTCACTTTGAGGTTTCTTTTTAAGAAGGCCTTCCCATTTCTTGTGTGATTTCAGGCCTCATGTTGTCATCAATCAACACTCTTCAATCTTAATAACATCAAAAAAAAAAAAAAAACATTTGGTGTTATGGCGGCGGCGCTACCTCAGATCCCGACGGCGCGAGACGGAGGCGTCGGCGGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020797
ATGGCGGCGGCGCTACCTCAGATCCCGACGGCGCGAGACGGAGGCGTCGGCGGCCTCCGCCGCTCCTTCTCGACCAAGGACCTGCAGCGACGCGGCATGATGCGGCGGTCGTATTCCGACAACCACATCAGAGCGTCGCTGCAGGTGCAGCCGAACCTGAAGAGCAGCCGCTCCCACAGCGGCCTCTTCAACATCCAGCTGTCTCCGGGAGCGATGATCCCGGAGACGCTGAAGTCGTTCCTCTTCGATCCAGAGGAGAC...
LOC131020797
ATGGCGGCGGCGCTACCTCAGATCCCGACGGCGCGAGACGGAGGCGTCGGCGGCCTCCGCCGCTCCTTCTCGACCAAGGACCTGCAGCGACGCGGCATGATGCGGCGGTCGTATTCCGACAACCACATCAGAGCGTCGCTGCAGGTGCAGCCGAACCTGAAGAGCAGCCGCTCCCACAGCGGCCTCTTCAACATCCAGCTGTCTCCGGGAGCGATGATCCCGGAGACGCTGAAGTCGTTCCTCTTCGATCCAGAGGAGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057805803.1
MAAALPQIPTARDGGVGGLRRSFSTKDLQRRGMMRRSYSDNHIRASLQVQPNLKSSRSHSGLFNIQLSPGAMIPETLKSFLFDPEETDLKRIDDHDHDHYGDRDRDEMEIKKRGNWIEMIVELRNKWKGNKNDDVESYVDVGEGCEVEYDDDDDDEGGGETAVDKETFSSLLRHVSWSDTKMFAQLAFLCNMAYVIPDMKREDLRRHYGLEFVTSSLEKKAAAAAIRDKVEPDSVRAESSTSSAEVASCSSSAAYEIAAT...
XP_057805804.1
MAAALPQIPTARDGGVGGLRRSFSTKDLQRRGMMRRSYSDNHIRASLQVQPNLKSSRSHSGLFNIQLSPGAMIPETLKSFLFDPEETDLKRIDDHDHDHYGDRDRDEMEIKKRGNWIEMIVELRNKWKGNKNDDVESYVDVGEGCEVEYDDDDDDEGGGETAVDKETFSSLLRHVSWSDTKMFAQLAFLCNMAYVIPDMKREDLRRHYGLEFVTSSLEKKAAAAAIRDKVEPDSVRAESSTSSAEVASCSSSAAYEIAAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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