Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G004052`

染色体: Chr04 坐标: 55699967-55702845 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G004052`
名称	SmilChr04G004052
描述	peroxisomal adenine nucleotide carrier 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	55699967 - 55702845 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020922`
GeneID	`131020922`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020922`
原始查询	`SmilChr04G004052`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxisomal adenine nucleotide carrier 1-like
产物	peroxisomal adenine nucleotide carrier 1-like
Arabidopsis	`AT3G05290` (PNC1) peroxisomal adenine nucleotide carrier 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819693] identity=68.8; qcov=1.02; evalue=5.71e-158; confidence=high
Rice	`Os05g0392700` - identity=68.1; qcov=1.03; evalue=7.36e-156; confidence=high
GO	GO:0005347 (ATP transmembrane transporter activity); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0006635 (fatty acid beta-oxidation); GO:0007031 (peroxisome organization); GO:0015217 (ADP transmembrane transporter activity); GO:0015866 (ADP transport); GO:0015867 (ATP transport)
KEGG	smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00153 (Mito_carr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	0.80000	`XP_057805957.1`
2	Peroxisome membrane	过氧化物酶体膜	0.80000	`XP_057805957.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057805957.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057805957.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805957.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:55701298`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C71
`Chr4:55701304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr4:55701362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr4:55701462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B130,B63,B84,C12
`Chr4:55701473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B82,C73
`Chr4:55701483`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr4:55701906`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B62,B93,C85
`Chr4:55701917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr4:55701918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:55702190`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr4:55702195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr4:55702252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,C46,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805957.1

314 aa

157

314

Mito_carr

PF00153 Mito_carr 5-94 aa PF00153 Mito_carr 104-184 aa PF00153 Mito_carr 202-291 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057805957.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	5	94	3.3e-40	136.5	Mitochondrial carrier protein
`XP_057805957.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	104	184	3.3e-40	136.5	Mitochondrial carrier protein
`XP_057805957.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	202	291	3.3e-40	136.5	Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949974.1
ACGTGTAAAACAGTCTTAAATAGCAATCTAGCATCAGTTGTTATTACACAACCGCAACGCAACGCAACGCAACGCAACGCGCCCATTCCTCACACGTTTCCCAACGCGATTGCTCCGACCAAAATCTCGGACCCACCTACGCAGCTATCTCCCAAATCCCGGCCGCCGCCGCCGCCCCATTTATTGATTTAAGCTTCCCTGTTTGTTCAGTTTCAGCGATTCATCTGCTAAGTTGTTGCAGTGCGTCGCATGAAAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020922
ATGGAGTCTTTGGTGGAGGCGACATCAGGTGCGGTGGGTTCACTGCTCAGCACCACCATTCTGTACCCGCTTGACACTTGCAAGACTAAATATCAAGCTGAAAATCGAGCCCATCATCACCAAAAATATAGGAACATCTCGGATGTCCTCTGGGAGGCGATATCTACGCGCCAGGTTCTCTCGTTGTACCAGGGGTTGGGAACGAAGAATTTCCAGTCCTTCATCTCGCAGTTCATCTATTTCTATGGATACAGCTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057805957.1
MESLVEATSGAVGSLLSTTILYPLDTCKTKYQAENRAHHHQKYRNISDVLWEAISTRQVLSLYQGLGTKNFQSFISQFIYFYGYSFLKRLYLKKSGFKSIGTKANLVIAAAAGACTVVVTQPLDTASSKMQTCEFGKSKGLWESLSESTWSESFDGLGISLLLTSNPSIQYTAFDQLKSRLLKEKTRKRGGEAAASPSPEALSAFSAFMLGAVSKCIATCITYPAIRCKVVIQSAEADETKDKSRKTVPGALRSIWEKEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器