当前解析结果
SmilChr04G004063| 统一新 Gene ID | SmilChr04G004063 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G004063 |
| 描述 | putative transferase At4g12130, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 55771626 - 55774360 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020933 |
|---|---|
| GeneID | 131020933 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020933 |
| 原始查询 | SmilChr04G004063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative transferase At4g12130, mitochondrial |
| 产物 | putative transferase At4g12130%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT4G12130 (AT4G12130)Glycine cleavage T-protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826821] identity=64.7; qcov=0.828; evalue=2.31e-172; confidence=high |
| Rice | Os06g0134800- identity=58.8; qcov=0.828; evalue=5.79e-147; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25455 (Beta-barrel_CAF17_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020933 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057805965.1 |
| 2 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.40000 | XP_057805965.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057805965.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057805965.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057805965.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:55771850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,D10 |
Chr4:55771853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B47,C63 |
Chr4:55771918 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 47 | A4,B100,B106,B113,B114,B117,B135,B19,B2,B26,B3,B45,B47,B48,B5,B53,B55,B60,B63,B67,B69,B73,B75,B83,B85,B86,C16,C21,C22,C25,C31,C32,C36,C38,C4,C41,C44,C48,C54,C59,C63,C68,C71,C73,C80,C81,C84 |
Chr4:55772496 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr4:55772702 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B13,B33,D10 |
Chr4:55772742 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B64,C24,C30 |
Chr4:55772857 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,B6,C63 |
Chr4:55772888 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B80 |
Chr4:55773809 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B20 |
Chr4:55773827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,B50,C37 |
Chr4:55774082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B20 |
Chr4:55774148 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 42 | A14,A16,A20,A22,A6,B118,B119,B140,B22,B26,B28,B33,B36,B47,B50,B51,B53,B60,B63,B66,B69,B7,B71,B76,B91,B94,C17,C27,C3,C38,C45,C50,C53,C63,C71,C74,C78,C80,C84,C86,D11,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057805965.1PF25455
Beta-barrel_CAF17_C 356-437 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057805965.1 |
Pfam | PF25455 |
Beta-barrel_CAF17_C | Domain | 356 | 437 | 4.4e-17 | 62.3 | CAF17, C-terminal beta-barrel domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。