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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004068

染色体: Chr04 坐标: 55789065-55793398 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004068
名称SmilChr04G004068
描述mitogen-activated protein kinase 15-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55789065 - 55793398 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020939
GeneID131020939
locus_tag-
NCBI NameLOC131020939
原始查询SmilChr04G004068

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitogen-activated protein kinase 15-like
产物mitogen-activated protein kinase 15-like
ArabidopsisAT5G19010 (MPK16)
mitogen-activated protein kinase 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832019]
identity=73.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0143500 (OsMPK14)
-
identity=72.1; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004707 (MAP kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020939

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057805973.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057805973.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057805973.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057805973.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057805973.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55790539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:55790575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:55790806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C50
Chr4:55790827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B50,C38,C63,C71,C84
Chr4:55790905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,D10
Chr4:55791246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B69,B82,B91,C17
Chr4:55791392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B69
Chr4:55791412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:55791438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B69
Chr4:55791510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B33,C76,D8
Chr4:55791516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:55791623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B84,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057805973.1
570 aa
N
1
285
570
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 24-315 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 26-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057805973.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 24 315 2.3e-65 221.3 Protein kinase domain
XP_057805973.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 26 239 7.3e-33 114.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057949990.1
GAGTAATATTCTCCACTTTTCACCTCTTACCGTGTCGCAAACAGCAGCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTAAAAGTTTATCTCTCCAACTCATTCACTTTGCAAAGCCCCTTTTTCAGTTTTCCCCCATATTTACATGCTTGCATTAGAGATCATCGCCAACGATCTAGGAAACTCCATTTTTACAGCTACATATTCTCAAACCTCGTACACGCTTTCGCCCCTCGAAAACCCAAAAAGGAAGAAAAAGAAAAATCTATTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020939
ATGCAGCCTGATCAGCGGAAAAAGTCCATAGATGTGGATTTCTTCACACAATATGGTGAAGGGAGCAGATATAGAATCGAGGAAGTGATAGGCAAAGGTAGCTACGGTGTTGTCTGCTCAGCATATGATACGCGTTCAGGGGAGAAGGTTGCGATCAAGAAGATAAATGATATCTTTGAACATGTATCCGATGCCACACGAATCCTTCGTGAAGTTAAGCTTCTTAGACTTCTTCGACATCCAGACATCGTGGAGATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057805973.1
MQPDQRKKSIDVDFFTQYGEGSRYRIEEVIGKGSYGVVCSAYDTRSGEKVAIKKINDIFEHVSDATRILREVKLLRLLRHPDIVEIKHILLPPSRREFKDIYVVFELMESDLHQVIKANDDLTPEHYQFFLYQLLRGMKYIHTANVFHRDLKPKNILANADCKLKICDFGLARVAFNDTPTAIFWTDYVATRWYRAPELCGSFFSKYTPAIDIWSIGCIFAELLTGKPLFPGKNVVHQLDLMTDLLGTPPPETIARIRNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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