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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G004099

染色体: Chr04 坐标: 55964524-55966188 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G004099
名称SmilChr04G004099
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向55964524 - 55966188 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020975
GeneID131020975
locus_tag-
NCBI NameLOC131020975
原始查询SmilChr04G004099

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=31.1; qcov=0.998; evalue=1.53e-70; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=40.4; qcov=1.06; evalue=1.82e-111; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF06722 (EryCIII-like_C); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057806016.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057806016.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057806016.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057806016.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057806016.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:55964678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B137,B89,B98,C60
Chr4:55964715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B19,D9
Chr4:55965026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:55965062 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B9
Chr4:55965062 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B9
Chr4:55965110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr4:55965119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:55965322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:55965492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:55965658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,D10
Chr4:55965749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr4:55965765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057806016.1
461 aa
N
1
230
461
Glyco_transf_N
UDPGT
EryCIII-like_C
C
PF26168 Glyco_transf_N 10-248 aa PF00201 UDPGT 259-424 aa PF06722 EryCIII-like_C 336-440 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057806016.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 10 248 7.6e-09 36.5 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057806016.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 259 424 6.2e-23 82.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase
XP_057806016.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 336 440 2e-08 35.0 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057950033.1
ATTAAAATGGGAAACACAAGAAATTTAAATAAAACTTTCATCACTTAGTAGTCTTTCTTTGTTATTGTCATTAGGGGAACTTTACCTATTTGTCTTGTTATGTGAAATCACTCCCTATTAAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGTTGAAGCAATGATGGATGCAAAGCAAAGTGATTTGAGAGTTTTGATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATGTTTTCCCCTTTCTTGAACTAGCCAAAGGCCTAGCCAAGAAACACTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020975
ATGATGGATGCAAAGCAAAGTGATTTGAGAGTTTTGATGTTCCCATGGTTGGCTCATGGCCATGTTTTCCCCTTTCTTGAACTAGCCAAAGGCCTAGCCAAGAAACACTTCCACATTTACTTTTGCTCCACTCCCATCAACCTCGACTCCGTCAAAAATCACTTGAACAACAACAACAATAACAACAACAACAACGACGACGCTGATGATCATCATGCCTCGATCGAGCTGGTCGAGCTCCACCTCCCATCCTTGCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057806016.1
MMDAKQSDLRVLMFPWLAHGHVFPFLELAKGLAKKHFHIYFCSTPINLDSVKNHLNNNNNNNNNNDDADDHHASIELVELHLPSLPELPPHYHTTKNTPPDLIPTLMEAFQESGPAFSDIIGRLEPDLLIYDVMQPWAAKAAASRGVPPVYFSTSGATTFALAHHLYTHKNWDSFPHEAIRLKDYEKRGMGAAANTIRIKDAGEGFVFGVFHLSNDVVLMKTCRGLEGKYVDYLSNLCERKIVTTGPLITFADNQETGGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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