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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000065

染色体: Chr05 坐标: 316771-317912 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000065
名称SmilChr05G000065
描述mannose-specific lectin alpha chain-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向316771 - 317912 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026555
GeneID131026555
locus_tag-
NCBI NameLOC131026555
原始查询SmilChr05G000065

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mannose-specific lectin alpha chain-like
产物mannose-specific lectin alpha chain-like
ArabidopsisAT5G10530 (AT5G10530)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830918]
identity=31; qcov=0.967; evalue=1.55e-20; confidence=low
RiceOs08g0124500
-
identity=31.8; qcov=1.03; evalue=4.78e-32; confidence=low
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00139 (Lectin_legB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026555

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812428.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812428.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812428.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812428.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812428.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:316996 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 D11
Chr5:316996 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 D11
Chr5:317052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C72
Chr5:317061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B78,D7
Chr5:317085 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 2 C46,C8
Chr5:317085 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 2 C46,C8
Chr5:317088 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C46,C8
Chr5:317088 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 2 C46,C8
Chr5:317094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C8
Chr5:317103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,D10
Chr5:317127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C8
Chr5:317182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812428.1
270 aa
N
1
135
270
Lectin_legB
C
PF00139 Lectin_legB 27-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812428.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 27 254 6.6e-42 144.5 Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956445.1
TGATGATTGATTGATACCACTATTATCATGCATGCACTATAATGTACTAGTATAAATAGATGCAAAAGATACCACCACCATCAGCCACATCCAAATCAAATACTCTTACTCAATTAAGCCATGGCCAAGCTTCTCCAAACCCTAATCTCCATCGCCCTCCTCCTCGCCGCCGCCAACACGGCGCGGTCCCAAACGACGACCTTCGCCTACGACTTCTGGGGCGACCAGCCGACCGAGCTCCTCTACCAAGGCGACGCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026555
ATGGCCAAGCTTCTCCAAACCCTAATCTCCATCGCCCTCCTCCTCGCCGCCGCCAACACGGCGCGGTCCCAAACGACGACCTTCGCCTACGACTTCTGGGGCGACCAGCCGACCGAGCTCCTCTACCAAGGCGACGCCCATTTCCCGTCGGACTCCACCTTCCTCCGCATGACCAAGACCACCTCCGGCAACGCGGTCGGGTACAGCGTCGGCCGGGTCGTGTACCCGACACCGGTCACGTTCTGGCAGGCCGGGGCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812428.1
MAKLLQTLISIALLLAAANTARSQTTTFAYDFWGDQPTELLYQGDAHFPSDSTFLRMTKTTSGNAVGYSVGRVVYPTPVTFWQAGAQVDFETTLNFIITPNPGDTNPADGFTFFIAPVDLPLGFTGGSYGIFNSSGVGPSVFAAEFDIFSNPGVDPSFRHIGIDIESNVSKNVTNVGDALLGQQATAIIGYKEATKLITVKVTAGSQVYEVSYVFDLSTILPQQVQVGITGATGGQVAVHDLVSWYFTATLVHAGAATGQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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