Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000126`

染色体: Chr05 坐标: 1015396-1017731 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000126`
名称	SmilChr05G000126
描述	probable pectate lyase 5
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	1015396 - 1017731 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026633`
GeneID	`131026633`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026633`
原始查询	`SmilChr05G000126`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pectate lyase 5
产物	probable pectate lyase 5
Arabidopsis	`AT5G63180` (AT5G63180) Pectin lyase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836439] identity=79.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0137201` (OsPLL4.2) - identity=77.2; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0030570 (pectate lyase activity)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00544 (Pectate_lyase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026633

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057812532.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812532.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812532.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812532.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057812532.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:1015451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:1015493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr5:1015893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr5:1015929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B97
`Chr5:1015932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B28,B62,C37
`Chr5:1015944`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:1015966`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr5:1015977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C77,D10
`Chr5:1016021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C18
`Chr5:1016080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr5:1016088`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B100,B97,D5
`Chr5:1016100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812532.1

407 aa

204

407

Pectate_lyase_4

PF00544 Pectate_lyase_4 140-340 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812532.1`	Pfam	`PF00544`	Pectate_lyase_4	Repeat	140	340	6.5e-22	78.7	Pectate lyase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956549.1
TCTCACTCTTCTCACATCAATTTCCTTCTCTCTCTAGAAAATGGCTTTCTCTTCACTAATCCAATCACTACTTGTGCTCACATCATGTATCCTATTCCCATCTCTCATTGCCTCCTTCCCAACCCTACAAGATCCTGAGTTAGTAGTCCAAGAAGTACATAGGAAATTAAATGCTTCTAGAAGGAGGCTGGGATTCCTATCATGCAACACGGGGAATCCCATCGACGACTGCTGGCGGTGCGATCCCAATTGGGAGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026633
ATGGCTTTCTCTTCACTAATCCAATCACTACTTGTGCTCACATCATGTATCCTATTCCCATCTCTCATTGCCTCCTTCCCAACCCTACAAGATCCTGAGTTAGTAGTCCAAGAAGTACATAGGAAATTAAATGCTTCTAGAAGGAGGCTGGGATTCCTATCATGCAACACGGGGAATCCCATCGACGACTGCTGGCGGTGCGATCCCAATTGGGAGCAGAACCGCCAGAAGTTGGCGGACTGCGCCATTGGGTTCGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812532.1
MAFSSLIQSLLVLTSCILFPSLIASFPTLQDPELVVQEVHRKLNASRRRLGFLSCNTGNPIDDCWRCDPNWEQNRQKLADCAIGFGKNAIGGRDGKIYVITDSKDDDPVNPKPGTLRHAVIQDEPLWIIFERDMVIQLKEELIMNSFKTIDGRGASVHIANGPCITIQYVTNIIIHGVNIHDCKQGGNAMVRDSPQHYGWRTVSDGDGVSIFGGSHVWVDHCSLSNCNDGLIDAIHGSTGITISNNYMTHHNKVMLLGHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器