Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000278`

染色体: Chr05 坐标: 2163950-2167847 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000278`
名称	SmilChr05G000278
描述	signal peptidase complex subunit 3B-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	2163950 - 2167847 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985003`
GeneID	`130985003`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985003`
原始查询	`SmilChr05G000278`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	signal peptidase complex subunit 3B-like
产物	signal peptidase complex subunit 3B-like
Arabidopsis	`AT5G27430` (AT5G27430) Signal peptidase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832802] identity=77.2; qcov=1; evalue=9.28e-100; confidence=high
Rice	`Os09g0556000` - identity=72.5; qcov=1; evalue=1.08e-93; confidence=high
GO	GO:0005787 (signal peptidase complex); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0016020 (membrane); GO:0045047 (protein targeting to ER)
KEGG	smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04573 (SPC22)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057763707.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057763707.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057763707.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057763707.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057763707.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:2164252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr5:2164259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr5:2165939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C25,C57
`Chr5:2166443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B3,B85
`Chr5:2166457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B87,C42
`Chr5:2167372`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B12,B140,B24,B93
`Chr5:2167527`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr5:2167575`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B56,B96
`Chr5:2167575`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr5:2167601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:2167612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B117,B98,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763707.1

167 aa

167

SPC22

PF04573 SPC22 1-164 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057763707.1`	Pfam	`PF04573`	SPC22	Family	1	164	4.5e-53	180.0	Signal peptidase subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057907724.1
AATGATTTTCCGTCCAATCAATAAATCGAGAGTTCGCAATTATTATCCTCTTTTATTTAAAAAAAACATAAAAAAGGCATAACCCCATGTTTATATATATATTGAGTCGCCATCAAAGAGCTAAAAACCCCCCAAATTCTTGTCCGAGTTTTTCACTCTTGAATTTGAGCAGCAAACGCAAACACACACAGAAACAATGCACTCTTTTATGCAGAGAGCTAATGTTTTACTAACGTTCGCCATCACCCTCCTCGCGCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985003
ATGCACTCTTTTATGCAGAGAGCTAATGTTTTACTAACGTTCGCCATCACCCTCCTCGCGCTAATGTGCGCCATGGCCTCCGTCTCCGACAACTTCAATTCTCTCTCTCCTCACGCCCAAGTTCAAGTCGTGAATATCAATTGGTTTCAGAAGAAACCTGCTGGCGATGACGAGGTTAGCTTGTCACTGAATATATCGGCAAATTTAGAGTCATTGTTCACGTGGAACACAAAGCAGGTGTTTGTATTTCTTGCTGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057763707.1
MHSFMQRANVLLTFAITLLALMCAMASVSDNFNSLSPHAQVQVVNINWFQKKPAGDDEVSLSLNISANLESLFTWNTKQVFVFLAAEYGNSKNAFNQISLWDGIIPSREHAKFWIQASNKYRFVDQGSNLRGKEFNLTLHWHVMPKTGKMFADKIVMSGYRLPQAYR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器