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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000410

染色体: Chr05 坐标: 3102551-3104522 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000410
名称SmilChr05G000410
描述salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3102551 - 3104522 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985128
GeneID130985128
locus_tag-
NCBI NameLOC130985128
原始查询SmilChr05G000410

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
产物salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
ArabidopsisAT1G68400 (AT1G68400)
leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843169]
identity=51.3; qcov=0.729; evalue=2.31e-25; confidence=medium
RiceOs12g0145900
-
identity=50.9; qcov=0.355; evalue=3.93e-15; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985128

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057763909.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057763909.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057763907.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057763908.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057763909.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3104006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,C19
Chr5:3104013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B57,C19
Chr5:3104018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C33,C48,C76
Chr5:3104021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:3104063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:3104066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr5:3104075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr5:3104089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,C14,C33,D7
Chr5:3104090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057763907.1
185 aa
N
1
92
185
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 87-151 aa
XP_057763908.1
184 aa
N
1
92
184
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 87-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057763907.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 87 151 4.7e-06 26.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057763908.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 87 149 1.5e-05 25.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057907924.1
TTTCACGGTTTCACTCACCCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCGCTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCCTGCTTCACCCCCCGCCGCGACTTTAGCCTCCGCCCGCCACCAATTCCTTCGAAGCAGAGGAGGATGAGTGCGGTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGGTTTTCCCCCTTCGCCGCCAGCGATTCGGCGTCCTTGTTGCCGATTTTCAATT...
XM_057907927.1
TTCACGGTTTCACTCACCCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCGCTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCCTGCTTCACCCCCCGCCGCGACTTTAGCCTCCGCCCGCCACCAATTCCTTCGAAGCAGAGGAGGATGAGTGCGGTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGGTTTTCCCCCTTCGCCGCCAGCGATTCGGCGTCCTTGTTGCCGATTTTCAATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985128
ATGAAAGACAATTCAGACGTCGACGCCGTGGGAGAGAGGGGCGGCGGCGTCGGAGACGGTGATTGCGAGGGTTTGAAGCGGCGGAGAAGACGTGAGGTTGAGGAGTGGCGGGACGAGGGGGAGGTGGTGCTCGGAGAGGACGAGGCGGCGGTAGCGACGGACGGCGCGGATGAGGTAACGGTGGCGGGGGCTGGAGATGGTGAATTTGGGGGAGAGGCGGATTGCTTGTGGGTGGGGCCACATGATTTGAATGTGAACGG...
LOC130985128
ATGAAAGACAATTCAGACGTCGACGCCGTGGGAGAGAGGGGCGGCGGCGTCGGAGACGGTGATTGCGAGGGTTTGAAGCGGCGGAGAAGACGTGAGGTTGAGGAGTGGCGGGACGAGGGGGAGGTGGTGCTCGGAGAGGACGAGGCGGCGGTAGCGACGGACGGCGCGGATGAGGTAACGGTGGCGGGGGCTGGAGATGGTGAATTTGGGGGAGAGGCGGATTGCTTGTGGGTGGGGCCACATGATTTGAATGTGAACGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057763907.1
MKDNSDVDAVGERGGGVGDGDCEGLKRRRRREVEEWRDEGEVVLGEDEAAVATDGADEVTVAGAGDGEFGGEADCLWVGPHDLNVNGKKEFEQQMEVLGRLRHPNLIGLKAYYFARDEKLLVHEFMPNGNLFWLLHAEAVKMRTMMRLTLALANSGSTRGLVGGTLTRKAWNLFSQLMMRLPNKL
XP_057763908.1
MKDNSDVDAVGERGGGVGDGDCEGLKRRRRREVEEWRDEGEVVLGEDEAAVATDGADEVTVAGAGDGEFGGEADCLWVGPHDLNVNGKKEFEQQMEVLGRLRHPNLIGLKAYYFARDEKLLVHEFMPNGNLFWLLHEAVKMRTMMRLTLALANSGSTRGLVGGTLTRKAWNLFSQLMMRLPNKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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