同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000496

染色体: Chr05 坐标: 3870060-3871638 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000496
名称SmilChr05G000496
描述inositol-3-phosphate synthase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向3870060 - 3871638 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985221
GeneID130985221
locus_tag-
NCBI NameLOC130985221
原始查询SmilChr05G000496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inositol-3-phosphate synthase-like
产物inositol-3-phosphate synthase-like
ArabidopsisAT5G10170 (MIPS3)
myo-inositol-1-phosphate synthase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830881]
identity=89.61; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs03g0192700 (OsINO1)
-
identity=86.08; qcov=1.0; evalue=0.0; confidence=high
GOGO:0004512 (inositol-3-phosphate synthase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006021 (inositol biosynthetic process); GO:0008654 (phospholipid biosynthetic process)
KEGGsmil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01658 (Inos-1-P_synth); PF07994 (NAD_binding_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985221

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764040.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764040.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:3870372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:3870384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:3870594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:3871352 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr5:3871517 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr5:3871517 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr5:3871564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764040.1
510 aa
N
1
255
510
NAD_binding_5
Inos-1-P_synth
C
PF07994 NAD_binding_5 62-494 aa PF01658 Inos-1-P_synth 310-423 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764040.1 Pfam PF07994 NAD_binding_5 Family 62 494 5.1e-142 473.8 Myo-inositol-1-phosphate synthase
XP_057764040.1 Pfam PF01658 Inos-1-P_synth Family 310 423 3.6e-37 127.5 Myo-inositol-1-phosphate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908057.1
CCTCCACCTTGTTTGGGATGGCTTGCATTCTTGAGAATGTGCCCTTCATCAATGGCAGCCCACAAAACACATTCGTCCCGGGGTTGATCGAATTGGCCATTACCAGGAACTCTTTGATTGGTGGAGATGACTTCAAGAGTGGCCAGACGAAGATGAAATCGGCTCTTGTCGATTTTCTCGTCGGGGCCGGCATTAAGCCGACCTCTATAGTGAGTTACAATCACTTGGGAAACAACGACGGAATGAATCTGTCGGCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057764040.1_25608
TCCACCTTGTTTGGGATGGCTTGCATTCTTGAGAATGTGCCCTTCATCAATGGCAGCCCACAAAACACATTCGTCCCGGGGTTGATCGAATTGGCCATTACCAGGAACTCTTTGATTGGTGGAGATGACTTCAAGAGTGGCCAGACGAAGATGAAATCGGCTCTTGTCGATTTTCTCGTCGGGGCCGGCATTAAGCCGACCTCTATAGTGAGTTACAATCACTTGGGAAACAACGACGGAATGAATCTGTCGGCCCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764040.1
MFIESFKVESPNVKYTESEIHSVYNYETTELVHENRDGAYHWIVKPKTVQYEFKTDAHVPKLGVMLVGWGGNNGSTLTAGVIANREGISWATKDKVQQANYFGSLTQASSIRVGSFNGEEIYAPFKSLLPMVNPDDVVFGGWDISDMNLADAMGRAKVLDIDLQKQLRPYMEHMVPLPGIYDADFIAANQGARANNVIKGTKKEQVEQVMRDIREFKEEKKVERVVVLWTANTERYSDVVVGLNDTTENLMASLERNESE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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