Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000517`

染色体: Chr05 坐标: 3989011-3991066 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000517`
名称	SmilChr05G000517
描述	mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 1a-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	3989011 - 3991066 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985336`
GeneID	`130985336`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985336`
原始查询	`SmilChr05G000517`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 1a-like
产物	mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 1a-like
Arabidopsis	`AT1G53530` (AT1G53530) Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841788] identity=47.7; qcov=0.899; evalue=1.13e-44; confidence=medium
Rice	`Os11g0620000` (OsSigP7) - identity=46; qcov=0.905; evalue=1.72e-43; confidence=medium
GO	GO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0006627 (GO:0006627); GO:0016020 (membrane); GO:0042720 (mitochondrial inner membrane peptidase complex)
KEGG	smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF10502 (Peptidase_S26)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985336

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057764252.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057764252.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057764252.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764252.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764252.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:3990012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:3990108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:3990580`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B27,B47
`Chr5:3990786`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764252.1

168 aa

168

Peptidase_S26

PF10502 Peptidase_S26 40-103 aa PF10502 Peptidase_S26 107-155 aa

XP_057764253.1

168 aa

168

Peptidase_S26

PF10502 Peptidase_S26 40-103 aa PF10502 Peptidase_S26 107-155 aa

XP_057764254.1

168 aa

168

Peptidase_S26

PF10502 Peptidase_S26 40-103 aa PF10502 Peptidase_S26 107-155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764252.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	40	103	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26
`XP_057764252.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	107	155	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26
`XP_057764253.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	40	103	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26
`XP_057764253.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	107	155	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26
`XP_057764254.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	40	103	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26
`XP_057764254.1`	Pfam	`PF10502`	Peptidase_S26	Domain	107	155	3.6e-19	70.1	Signal peptidase, peptidase S26

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908270.1
AATTATGAGACGGAGAATTCATCCGTTAATTTATGGGGTGTATTTGATAGACTTGAGGAATTGGTTAAGTAAAAGAAAACCACCCTTTTCTCGTTTCGTATTTTCGTCCCAGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCGTCAATCTTCATTGTTGTCTGTCCAAGCTTCAAGAGCCACCTCAAATCACACTAGTGCTCATCCAATAACGTATATTTAGGTAAGAATTCTTTTTCGGGCCATAAAAGCCGCAGCAAATTGAA...

XM_057908269.1
ATTGGTTAAGTAAAAGAAAACCACCCTTTTCTCGTTTCGTATTTTCGTCCCAGGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCGTCAATCTTCATTGTTGTCTGTCCAAGCTTCAAGAGCCACCTCAAATCACACTAGTGCTCATCCAATAACGTATATTTAGGTAAGAATTCTTTTTCGGGCCATAAAAGCCGCAGCAAATTGAAGAGAGAGAGAGAGGAGATGGGAATGTGGTTCATACTGAAGGAGTCAGTGAAGGAAGCAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130985336
ATGGGAATGTGGTTCATACTGAAGGAGTCAGTGAAGGAAGCACTGCCGAAAGCTGCAGGAGTAGCGAAAGGCTTTTGCTTCCTCCACGTCACCGGCAGATACCTGTGCAACATCGATTATCTCACCGGCCCCAGCATGCTCCCCACCTTCAATCTCAACCGCGACAACATCGCTTTGGCTGAGACTATATCAACCCGCCTCGGCAAGCTCCGCTCCGGCGACATCGTCAGCGTCCGGAGCCCCGAAGTGCCCACCAAGAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057764252.1
MGMWFILKESVKEALPKAAGVAKGFCFLHVTGRYLCNIDYLTGPSMLPTFNLNRDNIALAETISTRLGKLRSGDIVSVRSPEVPTKIVIKRIKAVAGDVVSYAPDPKLPHHNNTLVVPKGHVWVEGDNPHDSRDSRQFGAVPYALICSRLFLVLWPPSDCRLLSNKIV

XP_057764253.1
MGMWFILKESVKEALPKAAGVAKGFCFLHVTGRYLCNIDYLTGPSMLPTFNLNRDNIALAETISTRLGKLRSGDIVSVRSPEVPTKIVIKRIKAVAGDVVSYAPDPKLPHHNNTLVVPKGHVWVEGDNPHDSRDSRQFGAVPYALICSRLFLVLWPPSDCRLLSNKIV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器