Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000538`

染色体: Chr05 坐标: 4127980-4130486 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000538`
名称	SmilChr05G000538
描述	probable methyltransferase At1g29790
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	4127980 - 4130486 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985279`
GeneID	`130985279`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985279`
原始查询	`SmilChr05G000538`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable methyltransferase At1g29790
产物	probable methyltransferase At1g29790
Arabidopsis	`AT1G29790` (AT1G29790) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839857] identity=62.3; qcov=1.03; evalue=3.21e-173; confidence=high
Rice	`Os10g0578600` - identity=53; qcov=1.02; evalue=2e-122; confidence=high
GO	GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03141 (Methyltransf_29); PF08241 (Methyltransf_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985279

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057764164.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764164.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764164.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764164.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764164.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:4128136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr5:4128159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr5:4128171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C41
`Chr5:4128185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C24,C75,D3
`Chr5:4128220`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A5,B125,B127,B138,B90,C11,C17,C31,C34
`Chr5:4128288`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr5:4128320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B65,C29,D1
`Chr5:4128345`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B50,C37
`Chr5:4128345`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B50,C37
`Chr5:4128394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B106
`Chr5:4128409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr5:4128410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764164.1

375 aa

188

375

Methyltransf_29

Methyltransf_11

PF03141 Methyltransf_29 203-315 aa PF08241 Methyltransf_11 220-314 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764164.1`	Pfam	`PF03141`	Methyltransf_29	Family	203	315	1.5e-05	24.5	Putative S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
`XP_057764164.1`	Pfam	`PF08241`	Methyltransf_11	Domain	220	314	4.3e-05	24.8	Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908181.1
AAGACGCAATATTCCCAAAAATTGGAAATCATCTACTTACGGCAACGTTCACATCACTCTACTAAAATTGTATACATCACAGTCTCACTCTCGCGAGCAAGAACTAAGAAGCGAAGCAGCAGATCAAGCAAAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGAATGGGTTTCACGATGGGCCTGAACCTGCTCCTCCTCCTGGCCATGGTGGCCACCAACATCCTCTCCCTCTACCACCTCTCCTCCACCATCCAGTCCAAGCCCCCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985279
ATGGGTTTCACGATGGGCCTGAACCTGCTCCTCCTCCTGGCCATGGTGGCCACCAACATCCTCTCCCTCTACCACCTCTCCTCCACCATCCAGTCCAAGCCCCCCGCCCCTCCCCCCGTCCCCGACCACCTCATCCACCAGCTCTCCACCATCCGCGCCACCATCAACCACCTCACCTCCCTCAGCCCCTCCAAGAAACCCCCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCCCCCTCCGATCTACTCCTCTACACCCACTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764164.1
MGFTMGLNLLLLLAMVATNILSLYHLSSTIQSKPPAPPPVPDHLIHQLSTIRATINHLTSLSPSKKPPSAAAAAPAPSDLLLYTHFAPIGSSCRDNPILLHSYMNYTPFAPCPRDAPLAEDLILRGCHPLPRRRCFSPTPPAPATPLPADPFSPLPEKTALLNHHTCKTFSCFAGLKPEMGFDMRVEKSRYLTYRTDLDLPISQLLQLAKSAKSVIRLGLDIGGGTGTFAAQMKLQNVTVVTTTMNLGAPYNEAVAVRGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器