当前解析结果
SmilChr05G000641| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000641 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000641 |
| 描述 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 4857182 - 4860225 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985356 |
|---|---|
| GeneID | 130985356 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985356 |
| 原始查询 | SmilChr05G000641 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| 产物 | trihelix transcription factor ENAP1-like |
| Arabidopsis | AT3G58630 (AT3G58630)sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032] identity=43.5; qcov=1.05; evalue=7.59e-69; confidence=medium |
| Rice | Os01g0674000- identity=37.3; qcov=1.05; evalue=9.83e-52; confidence=medium |
| GO | GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10545 (MADF_DNA_bdg); PF13837 (Myb_DNA-bind_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985356 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764274.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764274.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764274.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764274.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764274.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:4857813 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A14,A19,B108,B35,B53,C45,C60 |
Chr5:4857821 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A14,A19,A6,B108,B35,B53,C39,C45,C51,C60,C83 |
Chr5:4857877 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A14,A19,A6,B108,B131,B16,B25,B35,B41,B43,B50,B52,B53,B60,B75,B98,C39,C45,C51,C58,C60,C83 |
Chr5:4857881 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A14,A19,A6,B108,B131,B16,B25,B35,B41,B43,B50,B52,B53,B60,B75,B98,C39,C45,C51,C58,C60,C83 |
Chr5:4858133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,B89 |
Chr5:4858202 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B29,C18,C48 |
Chr5:4858231 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:4858265 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B4,C19,C31 |
Chr5:4858268 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B47 |
Chr5:4858305 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr5:4858350 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 29 | A14,A15,A16,A23,B101,B102,B105,B109,B114,B123,B125,B131,B132,B137,B18,B24,B35,B44,B6,B7,B9,C11,C19,C30,C31,C49,C58,C63,C69 |
Chr5:4858511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B59,C52,C83,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764274.1PF13837
Myb_DNA-bind_4 24-117 aa
PF10545
MADF_DNA_bdg 44-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764274.1 |
Pfam | PF13837 |
Myb_DNA-bind_4 | Domain | 24 | 117 | 2.4e-19 | 70.2 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
XP_057764274.1 |
Pfam | PF10545 |
MADF_DNA_bdg | Domain | 44 | 117 | 3e-05 | 25.0 | Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。