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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000641

染色体: Chr05 坐标: 4857182-4860225 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000641
名称SmilChr05G000641
描述trihelix transcription factor ENAP1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向4857182 - 4860225 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985356
GeneID130985356
locus_tag-
NCBI NameLOC130985356
原始查询SmilChr05G000641

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述trihelix transcription factor ENAP1-like
产物trihelix transcription factor ENAP1-like
ArabidopsisAT3G58630 (AT3G58630)
sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825032]
identity=43.5; qcov=1.05; evalue=7.59e-69; confidence=medium
RiceOs01g0674000
-
identity=37.3; qcov=1.05; evalue=9.83e-52; confidence=medium
GOGO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF10545 (MADF_DNA_bdg); PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764274.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764274.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764274.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764274.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764274.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:4857813 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 7 A14,A19,B108,B35,B53,C45,C60
Chr5:4857821 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 11 A14,A19,A6,B108,B35,B53,C39,C45,C51,C60,C83
Chr5:4857877 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 22 A14,A19,A6,B108,B131,B16,B25,B35,B41,B43,B50,B52,B53,B60,B75,B98,C39,C45,C51,C58,C60,C83
Chr5:4857881 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 22 A14,A19,A6,B108,B131,B16,B25,B35,B41,B43,B50,B52,B53,B60,B75,B98,C39,C45,C51,C58,C60,C83
Chr5:4858133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B89
Chr5:4858202 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B29,C18,C48
Chr5:4858231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:4858265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B4,C19,C31
Chr5:4858268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,B47
Chr5:4858305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr5:4858350 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 29 A14,A15,A16,A23,B101,B102,B105,B109,B114,B123,B125,B131,B132,B137,B18,B24,B35,B44,B6,B7,B9,C11,C19,C30,C31,C49,C58,C63,C69
Chr5:4858511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B59,C52,C83,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764274.1
306 aa
N
1
153
306
Myb_DNA-bind_4
MADF_DNA_bdg
C
PF13837 Myb_DNA-bind_4 24-117 aa PF10545 MADF_DNA_bdg 44-117 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764274.1 Pfam PF13837 Myb_DNA-bind_4 Domain 24 117 2.4e-19 70.2 Myb/SANT-like DNA-binding domain
XP_057764274.1 Pfam PF10545 MADF_DNA_bdg Domain 44 117 3e-05 25.0 Alcohol dehydrogenase transcription factor Myb/SANT-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908291.1
CTACTAATAAGTTGGGTATTACTAAACCTGGAATTAAAATAAAAAAGAAAAAAGAAACCCTAATCGTCGGCTAAGCTAAGAAGATAGGATTGGAGGCGGAGAGGGCAAAAGCGTAATTTGGGAGAAGCACACGGCAATTGCATGACCGGACAATTTCCTCTCCCGCAAAACCCACGCATCGGCCCATCCACGCCGTGCGTGCTCTCAAATTTTCCGCCTAAGCCCAAAACTATTTTCTTTTTTTTTTTAACTCAACTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985356
ATGGGCGATTTGACGGAATCTTCCACTCCTCAGCCGCCGGCGCCGCCGCGCCAAGGCCCCTTCCGCGAGGACTGCTGGACGGAGGAGGCCACGTCCACGCTCGTTGATTCCTGGGGACAGCGTTACCTCGAGCTCAACCGCGGCAACCTCCGCCAGAAAGATTGGCAGGAGGTGGCCGATGCCGTTAACGCACTCCACGGCCACACGAAGAAGACGCGTCGCACCGATGTGCAGTGTAAGAACCGGATCGATACTCTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764274.1
MGDLTESSTPQPPAPPRQGPFREDCWTEEATSTLVDSWGQRYLELNRGNLRQKDWQEVADAVNALHGHTKKTRRTDVQCKNRIDTLKKKYKTERTRVAESNGTLTSSWPFFSTLEHLIGSNFNKHHQSKVITSAVPISSAQSTPLSLPAPPLAVPLSYRKPMTPAVVTPISLPQKRPMLSPAMDKSFFRKNYSAMAAAAAAADDEADDDEELEGDEVEGSEDGAEDEEDVGQEGMRRLAKAIEKFGEIFEKVEGMKQRQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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