Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000700`

染色体: Chr05 坐标: 5275291-5280280 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000700`
名称	SmilChr05G000700
描述	GDSL esterase/lipase At5g45920-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	5275291 - 5280280 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985410`
GeneID	`130985410`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985410`
原始查询	`SmilChr05G000700`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At5g45920-like
产物	GDSL esterase/lipase At5g45920-like
Arabidopsis	`AT5G45920` (AT5G45920) SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834632] identity=64.1; qcov=1.01; evalue=1.81e-110; confidence=high
Rice	`Os01g0214200` (OsGELP1) - identity=57.6; qcov=1; evalue=3.35e-92; confidence=high
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057764357.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057764357.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764357.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764357.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764357.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:5275574`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	67	A13,A3,B1,B101,B104,B107,B108,B111,B112,B115,B118,B120,B130,B137,B19,B22,B24,B29,B35,B36,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B48,B50,B51,B53,B54,B6,B63,B65,B66,B7,B71,B72,B76,B81,B87,B88,B91,B95,C11,C12,C19,C2,C26,C36,C42,C45,C46,C47,C53,C54,C57,C59,C60,C62,C63,C69,C75,C78,C79,D11,D8
`Chr5:5275741`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B3,B8,C11,C69,C83
`Chr5:5275741`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B3,B8,C11,C69,C83
`Chr5:5275985`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,A20
`Chr5:5279831`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C73
`Chr5:5279888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:5279899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:5279926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C73
`Chr5:5279932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr5:5280073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764357.1

235 aa

118

235

Lipase_GDSL

Lipase_GDSL_2

PF00657 Lipase_GDSL 5-200 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 7-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764357.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	5	200	1.6e-29	104.3	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
`XP_057764357.1`	Pfam	`PF13472`	Lipase_GDSL_2	Domain	7	194	1.9e-25	91.1	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908374.1
GTTCTTCTTCTTCTTCTTCTACTTCATTTAGCTTTTCTTTTTATTTTTTCTTAGTTCACTTTGAAGATATTAGTATTAGTGTACGATTCATTAAGATTAACAACAAGAGAGAGTGTGGGAGAAATGAGGCCCAAAATTTATCTGTTCGGCGACTCAATCACTGAGATGTCCTTCGGCGACGGCGGATGGGGTGCTTCTCTCGTAAATCACTTTGCTCGCCAGGCGGATGTGGTGTTGAGAGGCTATGACGGTTACAACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985410
ATGAGGCCCAAAATTTATCTGTTCGGCGACTCAATCACTGAGATGTCCTTCGGCGACGGCGGATGGGGTGCTTCTCTCGTAAATCACTTTGCTCGCCAGGCGGATGTGGTGTTGAGAGGCTATGACGGTTACAACACCAGATGGGCTCTCAAGGTCATCCACAAAGTCTTTCCGGCGGGCGGCGACGCTCCGCTCGCCGTCACGGTGTTCTTCGGGGCCAATGACGCAGCGCTACCGGACAGATACGGCGGGTTTCTACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764357.1
MRPKIYLFGDSITEMSFGDGGWGASLVNHFARQADVVLRGYDGYNTRWALKVIHKVFPAGGDAPLAVTVFFGANDAALPDRYGGFLHVPLDEYKQNLLAIVAFFKKQWPSTRIILITTPPIDEDARLLNPFANNPSGLPERTNEVAGRYAKQCLDVAAECGLPAIPLWQKMQQLPDWKKALLSDGLHLTQQGNKFVFEEVINLLAEEQVSLQTLPADFPLISEIDPNDPLKSFTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器